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万見
- PDB-2rqz: Structure of sugar modified epidermal growth factor-like repeat 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rqz
タイトルStructure of sugar modified epidermal growth factor-like repeat 12 of mouse Notch-1 receptor
要素Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードRECEPTOR / NOTCH / GLYCOPEPTIDE / O-LINKED FUCOSE / ACTIVATOR / FRINGE / ANK REPEAT / DEVELOPMENTAL PROTEIN / DIFFERENTIATION / EGF-LIKE DOMAIN / GLYCOPROTEIN / METAL-BINDING / NOTCH SIGNALING PATHWAY / NUCLEUS / PHOSPHORYLATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSMEMBRANE / Cell membrane / Disulfide bond / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis ...Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / Notch-HLH transcription pathway / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / T-helper 17 type immune response / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / endocardial cushion development / mesenchymal cell development / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / glomerular mesangial cell development / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of catalytic activity / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of endothelial cell differentiation / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / negative regulation of collagen biosynthetic process / neuron fate commitment / neuronal stem cell population maintenance / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / calcium-ion regulated exocytosis / glial cell differentiation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / tissue regeneration / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / heart trabecula morphogenesis / luteolysis / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / central nervous system neuron differentiation
類似検索 - 分子機能
Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD ...Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Shimizu, K. / Fujitani, N. / Hosoguchi, K. / Nishimura, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Chemical Synthesis, Folding, and Structural Insights into O-Fucosylated Epidermal Growth Factor-like Repeat 12 of Mouse Notch-1 Receptor
著者: Hiruma-Shimizu, K. / Hosoguchi, K. / Liu, Y. / Fujitani, N. / Ohta, T. / Hinou, H. / Matsushita, T. / Shimizu, H. / Feizi, T. / Nishimura, S.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_cs ..._chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5862
ポリマ－4,2191
非ポリマー3671
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / Motch A / mT14 / p300


分子量: 4218.697 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN EGF-LIKE repeat 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q01705
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3LFucpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H TOCSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination NOE and D2O exchange experiment.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.55mM NEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1; 0.55mM SUGAR (2-MER); 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.55mM NEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1; 0.55mM SUGAR (2-MER); 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.55 mMNEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1-11
0.55 mMSUGAR (2-MER)-21
0.55 mMNEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1-32
0.55 mMSUGAR (2-MER)-42
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.3 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Both sugar rings were fixed in chair conformation.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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