+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4b6d | ||||||
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Title | Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP | ||||||
Components | RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / CYTOKINESIS / PLASMA MEMBRANE / PHOSPHOLIPIDS / CENTRALSPINDLIN / SPINDLE MIDZONE / CENTRAL SPINDLE / MIDBODY | ||||||
Function / homology | Function and homology information centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / sulfate transport / mitotic spindle midzone assembly / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Kinesins / Flemming body / regulation of small GTPase mediated signal transduction ...centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / sulfate transport / mitotic spindle midzone assembly / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Kinesins / Flemming body / regulation of small GTPase mediated signal transduction / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHOB GTPase cycle / beta-tubulin binding / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / cleavage furrow / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of embryonic development / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / mitotic cytokinesis / alpha-tubulin binding / RHOA GTPase cycle / neuroblast proliferation / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / spindle midzone / monoatomic ion transport / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / erythrocyte differentiation / GTPase activator activity / acrosomal vesicle / mitotic spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / spindle / protein-macromolecule adaptor activity / midbody / spermatogenesis / microtubule binding / microtubule / protein kinase binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Pye, V.E. / Lekomtsev, S. / Petronczki, M. / Cherepanov, P. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: Centralspindlin Links the Mitotic Spindle to the Plasma Membrane During Cytokinesis. Authors: Lekomtsev, S. / Su, K. / Pye, V.E. / Blight, K. / Sundaramoorthy, S. / Takaki, T. / Collinson, L.M. / Cherepanov, P. / Divecha, N. / Petronczki, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4b6d.cif.gz | 156.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4b6d.ent.gz | 125.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4b6d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4b6d_validation.pdf.gz | 471.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4b6d_full_validation.pdf.gz | 475.6 KB | Display | |
Data in XML | 4b6d_validation.xml.gz | 16.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4b6d_validation.cif.gz | 23.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b6d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1ptqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 6823.265 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PGEX-C1WT / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / Variant (production host): CODON PLUS RIL / References: UniProt: Q9H0H5 #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | RESIDUES 284-338 WITH AN N-TERMINAL EXTENSION SEQUENCE EXTENSION SEQUENCE GPLGS | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.26 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.1 Details: 1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 31, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: H,-K,-H-L / Fraction: 0.5 |
Reflection | Resolution: 2.2→66.93 Å / Num. obs: 26140 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: PDB ENTRY 1PTQ Resolution: 2.2→66.925 Å / σ(F): 1.14 / Phase error: 28.33 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F / Details: CHAINS A, B, C, D, E AND F ARE RELATED BY NCS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→66.925 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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