PDB-2jj7: Crystal structure of the HlyIIR mutant protein with residues 170-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jj7

タイトル

Crystal structure of the HlyIIR mutant protein with residues 170-185 substituted by alanine

要素

HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / TETR FAMILY / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS CEREUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kovalevskiy, O.V. / Antson, A.A. / Solonin, A.S.

引用

ジャーナル: Mol.Biol.(Moscow) / 年: 2009
タイトル: [Contraction of the disordered loop located within C-terminal domain of the transcriptional regulator HlyIIR causes its structural rearrangement].
著者: Kovalevskii, O.V. / Antson, A.A. / Solonin, A.S.

履歴

登録	2008年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.3	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status Item: _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2jj7.ent.gz	70.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2jj7_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
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CIF形式データ	2jj7_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/2jj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fx0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e0k-d 3qdq-d 1w1w-1 1x3z-d 1w1w-4 5lgb-d 6ncr-2 4rs1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN

B: HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN

43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.831, 120.414, 55.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN / HLYIIRDA / HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN MUTANT 分子量: 21610.795 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 4-169,186-201 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 170-185 SUBSTITUTED BY ALANINE / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / 株: B771 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q7X506
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEGMENT OF 15 AMINO ACIDS 170-185 IS DELETED AND SUBSTITUTED WITH SINGLE ALANINE RESIDUE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: TRIS, AMMONIUM SULFATE, PEG3350, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 26373 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0065	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FX0

2fx0

解像度: 2.1→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 10.017 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1062	4.1 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.181	25102	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2953	0	0	195	3148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.101	1.953	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.858	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.355	24.768	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.425	15	573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.615	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.109	3	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.892	4	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.387	8	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.68	12	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.321	69
R_work	0.238	1622

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7388	5.0404	0.7957	12.2883	-0.2722	3.4221	-0.0224	-0.0804	0.3089	-0.1372	0.1405	0.4393	-0.1635	-0.195	-0.1182	-0.0646	-0.0117	0.0048	-0.0055	0.048	-0.0919	-2.437	37.063	-18.183
2	2.8965	-6.171	-1.8482	19.8394	-1.795	6.0897	0.3783	0.7105	-0.9682	-0.9608	-0.1994	-0.8585	0.5359	0.3301	-0.1789	0.067	0.0453	0.0203	0.0152	-0.0232	0.0664	3.189	26.461	-22.457
3	8.6074	3.0879	1.1455	8.3964	-5.5334	5.0005	0.0581	0.3976	0.3329	-0.3227	-0.0124	-0.0103	0.2648	-0.0845	-0.0457	-0.0488	0.001	0.0376	-0.0426	0.012	-0.0849	4.108	38.428	-22.123
4	3.2095	1.0408	-2.1082	3.3974	-0.0073	7.3446	-0.0098	-0.0131	0.1675	0.2433	0.0089	-0.1931	-0.0984	0.414	0.0009	-0.0801	-0.0366	-0.0228	-0.1206	0.0143	-0.0532	-0.156	30.173	-7.905
5	2.0557	1.3778	-0.12	3.4873	-2.7322	2.7497	0.177	-0.0072	0.2068	0.6454	0.0395	0.1848	-0.6556	-0.1129	-0.2166	0.0182	0.0239	0.0505	-0.1705	-0.0072	-0.0904	-12.947	22.266	-1.402
6	7.4452	-3.5002	-6.0381	5.6468	-0.274	7.7826	0.0129	-0.1147	-0.1723	0.4769	-0.0658	-0.9509	0.1445	0.5066	0.0529	-0.0896	-0.0187	-0.0621	-0.1333	0.0074	0.0665	1.457	22.76	-5.865
7	6.4174	3.7637	-4.1479	4.9375	-2.994	4.2844	-0.02	-0.2348	-0.2405	0.3075	-0.0486	-0.111	-0.0819	0.1055	0.0686	-0.0719	0.033	-0.0026	-0.1723	0.0179	-0.1425	-14.419	12.381	4.806
8	3.0409	1.4088	-0.2478	10.582	-3.9753	7.2009	-0.1206	0.1674	0.0248	-0.0548	0.2346	0.1655	-0.0126	-0.0312	-0.114	-0.132	-0.0161	0.0202	-0.0782	-0.0232	-0.1108	-15.463	12.829	-7.684
9	52.4656	0.1327	-2.6228	0.0003	-0.0066	0.1311	0.9334	-0.4556	1.974	-0.9129	-1.2294	0.9363	-1.1766	-1.3989	0.296	0.2825	0.0816	0.1758	0.2294	0.1692	0.3979	-25.625	23.201	-9.118
10	9.8834	1.4976	-1.441	15.2255	-6.9742	15.9404	0.0713	0.3916	-0.09	-0.475	0.7039	1.0947	0.4056	-1.2286	-0.7752	-0.0665	0.0634	0.0337	0.1435	0.0924	0.0112	-26.143	13.534	-0.574
11	15.1618	2.0674	-5.6465	18.8263	-5.0609	14.6192	-0.1553	0.2766	0.3749	-0.6698	0.3111	1.2636	0.3083	-0.8235	-0.1558	0.0427	0.0147	-0.1065	-0.0357	-0.028	0.0409	-32.487	-25.951	-6.09
12	3.3835	3.8103	0.0803	11.5016	0.1098	3.4079	0.1473	-0.1591	0.0803	0.4773	-0.1002	0.2463	-0.372	-0.0161	-0.0471	0.0584	0.006	-0.0074	-0.1057	0.07	-0.0729	-20.794	-11.146	-2.8
13	28.0342	1.8719	-0.4564	14.6759	-4.6427	5.374	0.4631	-0.4899	0.4243	1.1278	-0.3019	0.0476	-0.2773	0.274	-0.1612	0.1421	-0.076	-0.0091	-0.1348	0.0175	-0.0892	-22.011	-15.384	3.468
14	2.4064	4.2095	-2.132	9.9109	-4.8283	2.3629	-0.0328	-0.2556	-0.2986	-0.0342	-0.26	-0.9794	0.1603	0.1642	0.2928	0.0991	-0.009	-0.0698	-0.1093	0.0384	0.1273	-17.855	-19.029	-5.733
15	0.0101	0.2739	-0.0665	7.4372	-1.2666	15.2683	-0.1228	0.144	-0.1757	-0.5843	0.0706	-0.0536	0.6689	-0.2027	0.0522	0.0521	-0.0577	-0.0106	-0.0717	0.0078	-0.0135	-21.568	-4.904	-24.986
16	1.6907	0.0974	0.8625	4.2695	-3.0253	4.8677	-0.1222	0.0867	0.0199	-0.1537	0.2074	0.2918	0.0996	-0.3102	-0.0851	-0.1586	-0.0218	-0.042	-0.1962	0.0139	-0.0856	-23.284	3.67	-21.604
17	9.9036	1.4346	1.4834	10.8304	-0.536	1.4873	0.0731	0.0351	-0.188	0.267	0.1445	-0.9853	0.2134	0.5811	-0.2176	-0.111	0.0639	-0.0081	-0.0989	0.0421	-0.0172	-9.244	-4.913	-13.525
18	2.7822	1.5962	-0.3182	4.561	-0.6601	3.9316	-0.2012	0.1633	0.1014	-0.2107	0.1539	-0.1441	-0.2174	0.4327	0.0473	-0.128	-0.0309	-0.0292	-0.0825	0.0233	-0.1435	-12.786	9.082	-24.985
19	3.8956	-1.015	2.9407	2.7778	1.1622	3.6995	0.0906	-0.3199	-0.0042	0.208	-0.0746	0.6484	-0.1412	-0.6688	-0.0161	-0.0675	0.0211	0.0352	-0.0583	0.0243	-0.0083	-23.624	9.66	-12.156
20	9.089	9.1744	-5.3465	13.7803	-7.0246	14.6064	-0.0148	-0.099	0.8337	0.3444	0.114	0.5179	-1.1626	0.1779	-0.0993	0.0124	0.0289	-0.1063	-0.1117	0.0113	0.0017	-21.618	18.537	-22.993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	32 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	49 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	70 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	112 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	123 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	145 - 162
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	163 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	172 - 183
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 7
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	8 - 29
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	30 - 38
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	39 - 59
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	60 - 74
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	75 - 104
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	105 - 120
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	121 - 152
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	153 - 172
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	173 - 183

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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