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万見
- PDB-4rs1: Crystal structure of receptor-cytokine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rs1
タイトルCrystal structure of receptor-cytokine complex
要素
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE RECEPTOR/CYTOKINE / CYTOKINE / RECEPTOR / CYTOKINE RECEPTOR-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone receptor activity / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / growth hormone receptor complex / histamine secretion / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / response to silicon dioxide / neutrophil differentiation / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production ...growth hormone receptor activity / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / growth hormone receptor complex / histamine secretion / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / response to silicon dioxide / neutrophil differentiation / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / response to fluid shear stress / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of leukocyte proliferation / Surfactant metabolism / myeloid cell differentiation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of podosome assembly / growth hormone receptor signaling pathway / Interleukin-10 signaling / cytokine binding / peptide hormone binding / monocyte differentiation / macrophage differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / embryonic placenta development / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / RAF/MAP kinase cascade / cell population proliferation / immune response / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding ...IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Broughton, S.E. / Parker, M.W. / Dhagat, U.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Conformational Changes in the GM-CSF Receptor Suggest a Molecular Mechanism for Affinity Conversion and Receptor Signaling.
著者: Broughton, S.E. / Hercus, T.R. / Nero, T.L. / Dottore, M. / McClure, B.J. / Dhagat, U. / Taing, H. / Gorman, M.A. / King-Scott, J. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha
A: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2785
ポリマ－45,7442
非ポリマー5353
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.801, 77.169, 117.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor receptor subunit alpha / GM-CSF-R-alpha / GMCSFR-alpha / GMR-alpha / CDw116


分子量: 32872.992 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 35-315 / 変異: N27Q, N35Q, N80Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2R, CSF2RA, CSF2RY
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15509
#2: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF / Colony-stimulating factor / CSF / Molgramostin / Sargramostim


分子量: 12870.766 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 31-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2, GMCSF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P04141
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 22% PEG8000, 1% MPD, 5MM DITHIOTHREITOL, 100MM IMIDAZOLE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95443
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95443 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→46.805 Å / Num. obs: 13058 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→38.02 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 642 4.92 %
Rwork0.225 --
obs0.228 13058 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→38.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 34 20 3106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4094237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3761180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.88730.40141290.32152258X-RAY DIFFRACTION92
2.8873-3.17770.34081390.28262494X-RAY DIFFRACTION100
3.1777-3.63720.30621290.23712485X-RAY DIFFRACTION100
3.6372-4.58130.26431280.20762535X-RAY DIFFRACTION100
4.5813-38.02520.26231170.20672644X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9978-2.6865-0.67350.92580.34080.5433-0.13890.14491.5503-0.1168-0.1418-2.0092-0.46750.2499-0.3631.201-0.71480.0775-0.0224-0.00151.007129.0634-1.91-24.3085
23.3496-0.37960.25733.14571.52380.8199-0.23740.15890.9774-0.6704-0.64870.8343-0.2059-0.36770.55271.11920.75570.1841-0.2168-0.16070.769814.52741.5994-26.6018
35.7463-1.1764-0.03414.32911.04993.32090.73161.2569-0.4851-0.2782-0.24740.9885-0.2508-1.0272-0.040.45390.33710.12940.56710.04750.535120.216-13.3555-35.9827
44.4602-2.92791.75284.97490.49813.03260.22481.28571.5901-0.7983-0.2194-0.8555-1.27890.6190.25540.78810.1090.20280.58510.42060.571425.7036-4.0835-35.5839
54.0653.13211.35042.83811.17144.63750.3578-0.3667-0.2634-0.0730.10310.7833-0.3728-0.8014-0.170.35040.21360.01830.51350.03710.467418.7741-10.4232-31.9517
61.5962-0.081.01173.2922-1.20384.933-0.04920.91170.1932-0.6433-0.29250.20540.0059-0.64890.38890.60920.19930.08951.3940.02070.5644-0.7411-16.7942-43.0071
78.1909-0.98471.48085.5454-1.92753.9044-0.14130.2482-0.3930.18030.1467-0.13760.7186-0.9324-0.02170.4241-0.15630.09630.4606-0.16140.40175.3752-27.2532-17.2385
81.4404-0.5935-1.41341.10220.3614.6145-0.2532-0.0298-0.2609-0.05070.3172-0.2615-0.25780.3964-0.030.33790.01160.06730.1617-0.04470.278419.9081-18.6812-14.1329
91.6228-1.0468-0.73885.0521-2.46682.3752-0.1870.1605-0.34921.00920.8778-0.7988-2.2771.9403-0.33820.8086-0.35650.09980.963-0.16970.373836.3265-6.01541.4901
102.04980.6357-1.38814.87671.95362.21730.4395-1.4446-0.39881.9833-0.32050.201-0.7050.00090.01780.7380.30650.1482-0.6743-0.57670.198627.1572-11.8752-2.6156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 14:22)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 23:38)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 39:60)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 61:93)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 94:124)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 17:96)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 97:169)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 170:233)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 234:272)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 273:296)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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