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- PDB-2jix: Crystal structure of ABT-007 FAB fragment with the soluble domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jix
タイトルCrystal structure of ABT-007 FAB fragment with the soluble domain of EPO receptor
要素
  • (ABT-007 FAB FRAGMENT) x 2
  • ERYTHROPOIETIN RECEPTOR
キーワードRECEPTOR/IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM / RECEPTOR / TRANSMEMBRANE / RECEPTOR SOLUBLE DOMAIN / ANTIBODY / RECEPTOR-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / antibacterial humoral response / blood microparticle / nuclear speck / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythropoietin receptor / IGH@ protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, Z. / Stoll, V.S. / DeVries, P. / Jakob, C.G. / Xie, N. / Simmer, R.L. / Lacy, S.E. / Egan, D.A. / Harlan, J.E. / Lesniewski, R.R. / Reilly, E.B.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2007
タイトル: A Potent Erythropoietin-Mimicking Human Antibody Interacts Through a Novel Binding Site.
著者: Liu, Z. / Stoll, V.S. / Devries, P. / Jakob, C.G. / Xie, N. / Simmer, R.L. / Lacy, S.E. / Egan, D.A. / Harlan, J.E. / Lesniewski, R.R. / Reilly, E.B.
履歴
登録2007年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年3月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABT-007 FAB FRAGMENT
B: ERYTHROPOIETIN RECEPTOR
C: ERYTHROPOIETIN RECEPTOR
D: ABT-007 FAB FRAGMENT
E: ERYTHROPOIETIN RECEPTOR
F: ABT-007 FAB FRAGMENT
G: ABT-007 FAB FRAGMENT
H: ABT-007 FAB FRAGMENT
L: ABT-007 FAB FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,1499
ポリマ－213,1499
非ポリマー00
水00
1
A: ABT-007 FAB FRAGMENT
C: ERYTHROPOIETIN RECEPTOR
F: ABT-007 FAB FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0503
ポリマ－71,0503
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: ABT-007 FAB FRAGMENT
L: ABT-007 FAB FRAGMENT

B: ERYTHROPOIETIN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0503
ポリマ－71,0503
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
3
D: ABT-007 FAB FRAGMENT
E: ERYTHROPOIETIN RECEPTOR
G: ABT-007 FAB FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0503
ポリマ－71,0503
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.954, 156.171, 164.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 ABT-007 FAB FRAGMENT


分子量: 23348.893 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z3Y4*PLUS
#2: タンパク質 ERYTHROPOIETIN RECEPTOR / EPO-R


分子量: 24754.000 Da / 分子数: 3 / Fragment: EPO RECEPTOR SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 25-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P19235
#3: 抗体 ABT-007 FAB FRAGMENT


分子量: 22946.727 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GMX6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.33 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 50772 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→113.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 27.517 / SU ML: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 2506 5.1 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.26 46835 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.42 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3---4.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→113.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14781 0 0 0 14781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02215158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6081.9620670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8551928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3823.522602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.071152385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4531593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.22321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.27264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.210057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.59833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.263215634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14636062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0254.55036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.391 156
Rwork0.345 2773

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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