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万見
- PDB-2jep: Native family 5 xyloglucanase from Paenibacillus pabuli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jep
タイトルNative family 5 xyloglucanase from Paenibacillus pabuli
要素XYLOGLUCANASE
キーワードHYDROLASE / FAMILY 5 / XYLOGLUCANASE / PLANT CELL WALL
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PAENIBACILLUS PABULI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Gloster, T.M. / Ibatullin, F.M. / Macauley, K. / Eklof, J.M. / Roberts, S. / Turkenburg, J.P. / Bjornvad, M.E. / Jorgensen, P.L. / Danielsen, S. / Johansen, K. ...Gloster, T.M. / Ibatullin, F.M. / Macauley, K. / Eklof, J.M. / Roberts, S. / Turkenburg, J.P. / Bjornvad, M.E. / Jorgensen, P.L. / Danielsen, S. / Johansen, K. / Borchert, T.V. / Wilson, K.S. / Brumer, H. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Characterization and Three-Dimensional Structures of Two Distinct Bacterial Xyloglucanases from Families Gh5 and Gh12.
著者: Gloster, T.M. / Ibatullin, F.M. / Macauley, K. / Eklof, J.M. / Roberts, S. / Turkenburg, J.P. / Bjornvad, M.E. / Jorgensen, P.L. / Danielsen, S. / Johansen, K. / Borchert, T.V. / Wilson, K.S. ...著者: Gloster, T.M. / Ibatullin, F.M. / Macauley, K. / Eklof, J.M. / Roberts, S. / Turkenburg, J.P. / Bjornvad, M.E. / Jorgensen, P.L. / Danielsen, S. / Johansen, K. / Borchert, T.V. / Wilson, K.S. / Brumer, H. / Davies, G.J.
履歴
登録2007年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOGLUCANASE
B: XYLOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2067
ポリマ－87,9402
非ポリマー2665
水23,0231278
1
A: XYLOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1344
ポリマ－43,9701
非ポリマー1643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: XYLOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0723
ポリマ－43,9701
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.416, 89.574, 90.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9999, -0.01231, 0.009834), (0.01236, 0.9999, -0.004817), (-0.009774, 0.004938, 0.9999)
ベクター: -41.97, -3.843, 0.8027)

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要素

#1: タンパク質 XYLOGLUCANASE


分子量: 43969.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PAENIBACILLUS PABULI (バクテリア)
株: DSM13330 / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
参照: UniProt: H9KVH3*PLUS, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST 32 RESIDUES CANNOT BE OBSERVED, AND ARE LIKELY TO CORRESPOND TO A SIGNAL PEPTIDE CLEAVED ...THE FIRST 32 RESIDUES CANNOT BE OBSERVED, AND ARE LIKELY TO CORRESPOND TO A SIGNAL PEPTIDE CLEAVED DURING EXPRESSION OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 20-25% PEG 8000, 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 134851 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 42.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0011精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ECG

1ecg


解像度: 1.4→63.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.272 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 34-37 IN THE B CHAIN DO NOT FIT THE DENSITY WELL, BUT HAVE BEEN MODELLED AS IN THE A CHAIN STRUCTURE WHICH IS MORE ORDERED. THERE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 34-37 IN THE B CHAIN DO NOT FIT THE DENSITY WELL, BUT HAVE BEEN MODELLED AS IN THE A CHAIN STRUCTURE WHICH IS MORE ORDERED. THERE IS ALSO DENSITY IN THE ACTIVE SITE (NEAR TO RESIDUES 182 & 323) WHICH CANNOT BE MODELLED AS ANY SMALL MOLECULE KNOWN TO BE PRESENT AND HAS INSTEAD CONTAINS WATER MOLECULES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.144 6771 5 %RANDOM
Rwork0.115 ---
obs0.116 128009 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→63.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5729 0 14 1278 7021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9118559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96339991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8765820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.34625.671328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.485151003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.081519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.24598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.23180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22928
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2481.53873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74826124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50832808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2764.52388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.203 463
Rwork0.151 9206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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