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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jd0 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of mutant 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, DXR, Rv2870c, from Mycobacterium tuberculosis, in complex with NADPH | ||||||
要素 | 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DOXP/MEP PATHWAY / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / 1-DEOXY-D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE REDUCTOISOMERASE / NADP / RV2870C / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 terpenoid biosynthetic process, mevalonate-independent / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / cobalt ion binding / NADPH binding / manganese ion binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Henriksson, L.M. / Unge, T. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Structures of Mycobacterium Tuberculosis 1-Deoxy-D- Xylulose-5-Phosphate Reductoisomerase Provide New Insights Into Catalysis. 著者: Henriksson, L.M. / Unge, T. / Carlsson, J. / Aqvist, J. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jd0.cif.gz | 156 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jd0.ent.gz | 121.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jd0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jd0_validation.pdf.gz | 744 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2jd0_full_validation.pdf.gz | 753.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2jd0_validation.xml.gz | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jd0_validation.cif.gz | 43.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/2jd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/2jd0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.4991, 0.8531, 0.1523), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41699.000 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-389 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PET101D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P64012, UniProt: P9WNS1*PLUS, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase #2: 化合物 | ChemComp-NDP / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 151 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 222 TO GLN ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 32964 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2C82 解像度: 2.3→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 7.694 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS ATOMS WITH REFINED B- FACTORS AND ZERO OCCUPANCY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
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拘束条件 |
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