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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jca | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the streptomyces coelicolor holo- [Acyl-carrier-protein] Synthase (AcpS) at 2 A. | ||||||
![]() | HOLO-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ACP / MAGNESIUM / POLIKETIDE / METAL-BINDING / LIPID SYNTHESIS / PHOSPHOPANTETHEINE ARM / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dall'Aglio, P. / Arthur, C. / Crump, M.P. / Crosby, J. / Hadfield, A.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of Streptomyces Coelicolor Phosphopantetheinyl Transferase, Acps, Reveals the Basis for Relaxed Substrate Specificity. 著者: Dall'Aglio, P. / Arthur, C. / Williams, C. / Vasilakis, K. / Maple, H.J. / Crosby, J. / Crump, M.P. / Hadfield, A.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14751.777 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O86785, holo-[acyl-carrier-protein] synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 % |
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結晶化 | pH: 8.8 詳細: ACPS WAS DIALYZED IN 50 MM TRIS PH 8.8, 10% GLYCEROL. THEN IT WAS CRYSTALLIZED IN 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NACACODYLATE PH 6.5, 30% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.48 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 25759 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1F7T 解像度: 1.98→65.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.791 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ELECTRON DENSITY IN THE B CHAIN BETWEEN RESIDUES 65-68 IS NOT WELL DEFINED. THE ELECTRON DENSITY IN THE B CHAIN BETWEEN RESIDUES 22-25 IS NOT WELL DEFINED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→65.8 Å
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拘束条件 |
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