[日本語] English
万見
- PDB-2jc5: Apurinic Apyrimidinic (AP) endonuclease (NApe) from Neisseria Men... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jc5
タイトルApurinic Apyrimidinic (AP) endonuclease (NApe) from Neisseria Meningitidis
要素EXODEOXYRIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / NEISSERIA MENINGITIDIS / REPAIR PHOSPHODIESTERASE / DNA REPAIR / EXONUCLEASE / ENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Exodeoxyribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Carpenter, E.P. / Corbett, A. / Thomson, H. / Adacha, J. / Jensen, K. / Bergeron, J. / Kasampalidis, I. / Exley, R. / Winterbotham, M. / Tang, C. ...Carpenter, E.P. / Corbett, A. / Thomson, H. / Adacha, J. / Jensen, K. / Bergeron, J. / Kasampalidis, I. / Exley, R. / Winterbotham, M. / Tang, C. / Baldwin, G.S. / Freemont, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Ap Endonuclease Paralogues with Distinct Activities in DNA Repair and Bacterial Pathogenesis.
著者: Carpenter, E.P. / Corbett, A. / Thomson, H. / Adacha, J. / Jensen, K. / Bergeron, J. / Kasampalidis, I. / Exley, R. / Winterbotham, M. / Tang, C. / Baldwin, G.S. / Freemont, P.
履歴
登録2006年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EXODEOXYRIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2477
ポリマ－29,7001
非ポリマー5486
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.156, 79.511, 41.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 EXODEOXYRIBONUCLEASE / APURINIC APYRIMIDINIC AP ENDONUCLEASE FROM NEISSERIA MENINGITIDIS - NAPE


分子量: 29699.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
株: MC58 SEROGROUP B / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q7DD47, exodeoxyribonuclease III

-
非ポリマー , 5種, 319分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 24 WELL LINBRO PLATES USED FOR HANGING DROP EXPERIMENTS WITH 0.5 UL PROTEIN AND 0.5 UL WELL SOLUTION FOR THE DROPS. PROTEIN CONCENTRATION 20 MG/ML, IN 10 MM TRIS, PH 7.0 AND 100 MM NACL. THE ...詳細: 24 WELL LINBRO PLATES USED FOR HANGING DROP EXPERIMENTS WITH 0.5 UL PROTEIN AND 0.5 UL WELL SOLUTION FOR THE DROPS. PROTEIN CONCENTRATION 20 MG/ML, IN 10 MM TRIS, PH 7.0 AND 100 MM NACL. THE WELL SOLUTION CONTAINED 20% PEG 20000, 0.1 M BICINE PH 9.0, 2% DIOXANE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 35560 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 9.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BIX

1bix


解像度: 1.5→29.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.298 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE ATOMS MISSING FROM THE SIDECHAINS BECAUSE THERE WAS NO DENSITY FOR THESE ATOMS IN THE ELECTRON DENSITY MAPS ARG ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE ATOMS MISSING FROM THE SIDECHAINS BECAUSE THERE WAS NO DENSITY FOR THESE ATOMS IN THE ELECTRON DENSITY MAPS ARG 64, ARG 75, GLU 87, GLU 177, LYS 181, LYS 185, AND GLU 259.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 1774 5 %RANDOM
Rwork0.12 ---
obs0.123 35412 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.336 Å20 Å20.022 Å2
2--0.654 Å20 Å2
3----0.305 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2073 0 36 313 2422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.9373045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1915290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82623.905105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.99615371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.081512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.7220.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4790.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.98621421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50632161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1621029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8683871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 6.55→29.53 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.174 25
Rwork0.186 423

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る