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- PDB-2jb6: Fab fragment in complex with small molecule hapten, crystal form-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jb6
タイトルFab fragment in complex with small molecule hapten, crystal form-2
要素
  • FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
  • FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / CDR / TSC / FAB / HUCAL / FLUORESCENT DYE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / ANTIBODY FRAGMENT / DIAGNOSTIC IMAGING
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T5C / Immunoglobulin lambda constant 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Baesler, S. / Malawski, G. / Badock, V. / Bahr, I. / Schirner, M. / Licha, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Fab Mor03268 Triggers Absorption Shift of a Diagnostic Dye Via Packaging in a Solvent-Shielded Fab Dimer Interface
著者: Hillig, R.C. / Urlinger, S. / Fanghanel, J. / Brocks, B. / Haenel, C. / Stark, Y. / Sulzle, D. / Svergun, D.I. / Baesler, S. / Malawski, G. / Moosmayer, D. / Menrad, A. / Schirner, M. / Licha, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and Molecular-Replacement Solution of a Diagnostic Fluorescent Dye in Complex with a Specific Fab Fragment.
著者: Hillig, R.C. / Baesler, S. / Urlinger, S. / Stark, Y. / Bauer, S. / Badock, V. / Huber, M. / Bahr, I. / Schirner, M. / Licha, K.
履歴
登録2006年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
B: FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
H: FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7106
ポリマ－98,1674
非ポリマー1,5442
水32418
1
A: FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
B: FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子

A: FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
B: FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7106
ポリマ－98,1674
非ポリマー1,5442
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area10420 Å2
ΔGint-63.2 kcal/mol
Surface area44370 Å2
手法PQS
2
H: FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子

H: FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7106
ポリマ－98,1674
非ポリマー1,5442
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area10520 Å2
ΔGint-60.8 kcal/mol
Surface area44820 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.028, 77.028, 379.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1222-

T5C

21B-1222-

T5C

31H-1222-

T5C

41H-1222-

T5C

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21A
12H
22B
13B
23H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUTHRTHR5LD4 - 54 - 5
211LEULEUTHRTHR5AA4 - 54 - 5
121GLNGLNSERSER2LD6 - 96 - 9
221GLNGLNSERSER2AA6 - 96 - 9
131VALVALPROPRO5LD10 - 1410 - 14
231VALVALPROPRO5AA10 - 1410 - 14
141GLYGLYGLYGLY6LD1515
241GLYGLYGLYGLY6AA1515
151GLNGLNSERSER5LD16 - 2116 - 21
251GLNGLNSERSER5AA16 - 2116 - 21
161CYSCYSGLYGLY2LD22 - 2422 - 24
261CYSCYSGLYGLY2AA22 - 2422 - 24
171THRTHRASNASN6LD25 - 3325 - 33
271THRTHRASNASN6AA25 - 3325 - 33
181TYRTYRGLNGLN2LD34 - 3934 - 39
281TYRTYRGLNGLN2AA34 - 3934 - 39
191GLNGLNGLNGLN5LD4040
291GLNGLNGLNGLN5AA4040
1101HISHISALAALA6LD41 - 4541 - 45
2101HISHISALAALA6AA41 - 4541 - 45
1111PROPROPHEPHE2LD46 - 6446 - 64
2111PROPROPHEPHE2AA46 - 6446 - 64
1121SERSERLYSLYS6LD65 - 6865 - 68
2121SERSERLYSLYS6AA65 - 6865 - 68
1131SERSERILEILE2LD69 - 7769 - 77
2131SERSERILEILE2AA69 - 7769 - 77
1141SERSERLEULEU6LD78 - 8078 - 80
2141SERSERLEULEU6AA78 - 8078 - 80
1151GLNGLNSERSER2LD81 - 9281 - 92
2151GLNGLNSERSER2AA81 - 9281 - 92
1161TRPTRPASNASN5LD93 - 9693 - 96
2161TRPTRPASNASN5AA93 - 9693 - 96
1171LEULEUTHRTHR6LD97 - 10697 - 106
2171LEULEUTHRTHR6AA97 - 10697 - 106
1181LYSLYSLYSLYS5LD107107
2181LYSLYSLYSLYS5AA107107
1191LEULEUPROPRO2LD108 - 125108 - 125
2191LEULEUPROPRO2AA108 - 125108 - 125
1201SERSERSERSER6LD126 - 127126 - 127
2201SERSERSERSER6AA126 - 127126 - 127
1211GLUGLUGLUGLU2LD128 - 129128 - 129
2211GLUGLUGLUGLU2AA128 - 129128 - 129
1221LEULEULYSLYS6LD130 - 134130 - 134
2221LEULEULYSLYS6AA130 - 134130 - 134
1231ALAALAILEILE2LD135 - 141135 - 141
2231ALAALAILEILE2AA135 - 141135 - 141
1241SERSERASPASP6LD142 - 143142 - 143
2241SERSERASPASP6AA142 - 143142 - 143
1251PHEPHEPHEPHE2LD144144
2251PHEPHEPHEPHE2AA144144
1261TYRTYRTHRTHR5LD145 - 150145 - 150
2261TYRTYRTHRTHR5AA145 - 150145 - 150
1271VALVALTRPTRP2LD151 - 153151 - 153
2271VALVALTRPTRP2AA151 - 153151 - 153
1281LYSLYSVALVAL6LD154 - 164154 - 164
2281LYSLYSVALVAL6AA154 - 164154 - 164
1291GLUGLUPROPRO2LD165 - 169165 - 169
2291GLUGLUPROPRO2AA165 - 169165 - 169
1301SERSERASNASN5LD170 - 175170 - 175
2301SERSERASNASN5AA170 - 175170 - 175
1311LYSLYSLEULEU2LD176 - 183176 - 183
2311LYSLYSLEULEU2AA176 - 183176 - 183
1321SERSERGLUGLU5LD184 - 188184 - 188
2321SERSERGLUGLU5AA184 - 188184 - 188
1331GLNGLNTRPTRP2LD189 - 190189 - 190
2331GLNGLNTRPTRP2AA189 - 190189 - 190
1341LYSLYSSERSER5LD191 - 192191 - 192
2341LYSLYSSERSER5AA191 - 192191 - 192
1351HISHISARGARG6LD193 - 194193 - 194
2351HISHISARGARG6AA193 - 194193 - 194
1361SERSERTHRTHR5LD195 - 201195 - 201
2361SERSERTHRTHR5AA195 - 201195 - 201
1371HISHISTHRTHR2LD202 - 206202 - 206
2371HISHISTHRTHR2AA202 - 206202 - 206
1381VALVALPROPRO5LD207 - 213207 - 213
2381VALVALPROPRO5AA207 - 213207 - 213
112VALVALGLYGLY6HC5 - 85 - 8
212VALVALGLYGLY6BB5 - 85 - 8
122ALAALALYSLYS3HC9 - 129 - 12
222ALAALALYSLYS3BB9 - 129 - 12
132LYSLYSSERSER6HC13 - 1713 - 17
232LYSLYSSERSER6BB13 - 1713 - 17
142VALVALVALVAL2HC1818
242VALVALVALVAL2BB1818
152LYSLYSVALVAL5HC19 - 2019 - 20
252LYSLYSVALVAL5BB19 - 2019 - 20
162SERSERALAALA6HC21 - 2421 - 24
262SERSERALAALA6BB21 - 2421 - 24
172TYRTYRTYRTYR6HC3232
272TYRTYRTYRTYR6BB3232
182ALAALAVALVAL5HC33 - 3733 - 37
282ALAALAVALVAL5BB33 - 3733 - 37
192ARGARGALAALA2HC38 - 4038 - 40
292ARGARGALAALA2BB38 - 4038 - 40
1102PROPROPROPRO5HC41 - 5341 - 53
2102PROPROPROPRO5BB41 - 5341 - 53
1112TYRTYRLYSLYS6HC54 - 6354 - 63
2112TYRTYRLYSLYS6BB54 - 6354 - 63
1122VALVALTHRTHR6HC68 - 7868 - 78
2122VALVALTHRTHR6BB68 - 7868 - 78
1132ALAALALEULEU2HC79 - 8379 - 83
2132ALAALALEULEU2BB79 - 8379 - 83
1142SERSERGLUGLU6HC84 - 8984 - 89
2142SERSERGLUGLU6BB84 - 8984 - 89
1152ASPASPMETMET2HC90 - 10190 - 101
2152ASPASPMETMET2BB90 - 10190 - 101
1162SERSERHISHIS5HC102 - 105102 - 105
2162SERSERHISHIS5BB102 - 105102 - 105
1172LEULEUVALVAL2HC106 - 118106 - 118
2172LEULEUVALVAL2BB106 - 118106 - 118
1182SERSERSERSER5HC119 - 122119 - 122
2182SERSERSERSER5BB119 - 122119 - 122
1192THRTHRALAALA2HC123 - 132123 - 132
2192THRTHRALAALA2BB123 - 132123 - 132
1202PROPROPROPRO6HC133133
2202PROPROPROPRO6BB133133
1212ALAALAASNASN2HC144 - 162144 - 162
2212ALAALAASNASN2BB144 - 162144 - 162
1222SERSERTHRTHR6HC163 - 167163 - 167
2222SERSERTHRTHR6BB163 - 167163 - 167
1232SERSERHISHIS5HC168 - 171168 - 171
2232SERSERHISHIS5BB168 - 171168 - 171
1242THRTHRSERSER2HC172 - 187172 - 187
2242THRTHRSERSER2BB172 - 187172 - 187
1252VALVALLEULEU5HC188 - 196188 - 196
2252VALVALLEULEU5BB188 - 196188 - 196
1262GLYGLYGLNGLN6HC197 - 199197 - 199
2262GLYGLYGLNGLN6BB197 - 199197 - 199
1272THRTHRTHRTHR5HC200200
2272THRTHRTHRTHR5BB200200
1282TYRTYRCYSCYS2HC201 - 203201 - 203
2282TYRTYRCYSCYS2BB201 - 203201 - 203
1292ASNASNVALVAL5HC204 - 205204 - 205
2292ASNASNVALVAL5BB204 - 205204 - 205
1302ASNASNVALVAL2HC206 - 218206 - 218
2302ASNASNVALVAL2BB206 - 218206 - 218
1312GLUGLUGLUGLU6HC219219
2312GLUGLUGLUGLU6BB219219
1322GLYGLYALAALA6HC140 - 143140 - 143
2322GLYGLYALAALA6BB140 - 143140 - 143
113T5CT5CT5CT5C1BE1222
213T5CT5CT5CT5C1HF1222

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
/ NCS oper:
IDCode
1given
2given
3given

-
要素

#1: 抗体 FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN


分子量: 22754.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: IN VITRO SELECTED FROM A LIBRARY AND OPTIMIZED IN SEVERAL MATURATION STEPS
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOY3*PLUS
#2: 抗体 FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN


分子量: 26328.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: IN VITRO SELECTED FROM A LIBRARY AND OPTIMIZED IN SEVERAL MATURATION STEPS
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-T5C / 2-{(1E,3Z,5E,7E)-7-[3,3-DIMETHYL-5-SULFO-1-(2-SULFOETHYL)-1,3-DIHYDRO-2H-INDOL-2-YLIDENE]-4-METHYLHEPTA-1,3,5-TRIEN-1-YL}-3,3-DIMETHYL-5-SULFO-1-(2-SULFOETHYL)-3H-INDOLIUM / TETRASULFOCYANINE / 1-(2-スルホナトエチル)-2-[(1E,3E,5E)-4-メチル-7-[(2E)-1-(2-スルホナトエチル)-3(以下略)


分子量: 771.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H39N2O12S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細FAB FRAGMENT SELECTED IN VITRO FROM A LIBRARY, AND OPTIMIZED FURTHER BY MATURATION STEPS. THIS ...FAB FRAGMENT SELECTED IN VITRO FROM A LIBRARY, AND OPTIMIZED FURTHER BY MATURATION STEPS. THIS HEAVY CHAIN HAS A C-TERMINAL MYC-HIS6 TAG (RESIDUES 222-244)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: 2.6-2.7M AMMONIUM SULPHATE, 5% PEG400, 0.1M SODIUM CITRATE PH 4. ADDITIONAL 10% GLYCEROL AS CRYO BUFFER.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→48.9 Å / Num. obs: 27756 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 72.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JB5

2jb5


解像度: 2.85→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 35.394 / SU ML: 0.314 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.381 / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE LOOP REGIONS H64-67, B65-66 AND B134 - 139 WERE MODELLED, BUT WERE NOT VERY WELL ORDERED IN THE DENSITY. FOR BOTH FAB MOLECULES IN THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE LOOP REGIONS H64-67, B65-66 AND B134 - 139 WERE MODELLED, BUT WERE NOT VERY WELL ORDERED IN THE DENSITY. FOR BOTH FAB MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, THE SYMMETRIC LIGAND IS BOUND BETWEEN THE RESPECTIVE FAB AND ONE OF ITS SYMMETRY MATES IN A FAB DIMER INTERFACE. THE LIGAND IS THUS SIMULTAENOUSLY COORDINATED BY THE ANTIGEN BINDING SITES OF BOTH FABS. IT IS ITSELF LOCATED ON THE TWOFOLD CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXIS. THIS WAS TAKEN INTO ACCOUNT DURING REFINEMENT BY REFINING IT WITH AN OCCUPANY OF 0.5.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1427 5.2 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 26266 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6323 0 100 18 6441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.979015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3345840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.32624.701234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.74115999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6421516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.24348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3861.54270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71526801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.81232868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3884.52214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11L416tight positional0.030.05
12A416tight positional0.030.05
21H396tight positional0.040.05
22B396tight positional0.040.05
31B50tight positional0.010.05
32H50tight positional0.010.05
11L592medium positional0.30.5
12A592medium positional0.30.5
21H542medium positional0.250.5
22B542medium positional0.250.5
11L550loose positional0.395
12A550loose positional0.395
21H552loose positional0.575
22B552loose positional0.575
11L416tight thermal0.050.5
12A416tight thermal0.050.5
21H396tight thermal0.060.5
22B396tight thermal0.060.5
31B50tight thermal0.020.5
32H50tight thermal0.020.5
11L592medium thermal0.312
12A592medium thermal0.312
21H542medium thermal0.32
22B542medium thermal0.32
11L550loose thermal0.9310
12A550loose thermal0.9310
21H552loose thermal0.7610
22B552loose thermal0.7610
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 105 -
Rwork0.31 1688 -
obs--89.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.873-1.60030.47552.37910.3261.9746-0.0336-0.54890.49260.22980.1256-0.1844-0.03680.0452-0.0921-0.383-0.0542-0.011-0.223-0.0632-0.122264.19621.684143.393
25.5317-0.8879-0.49872.0726-0.16131.8980.0335-0.511-0.09480.23540.0610.22240.0306-0.1136-0.0946-0.3819-0.0249-0.0171-0.22590.0276-0.181290.15-16.05143.395
33.1401-0.6579-1.19071.51470.97455.47910.06840.457-0.0198-0.3452-0.35910.4407-0.1083-1.30720.29060.23250.1964-0.07130.2976-0.12660.03958.09512.395110.698
43.3914-0.03261.87421.1456-0.46146.03820.05810.4531-0.0438-0.287-0.0787-0.23440.08841.04480.02060.05740.04070.0120.0719-0.0098-0.128194.612-8.99110.341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H121 - 220
2X-RAY DIFFRACTION1L113 - 213
3X-RAY DIFFRACTION2B121 - 220
4X-RAY DIFFRACTION2A113 - 213
5X-RAY DIFFRACTION3H3 - 120
6X-RAY DIFFRACTION3L4 - 112
7X-RAY DIFFRACTION3B1222
8X-RAY DIFFRACTION4B4 - 120
9X-RAY DIFFRACTION4A3 - 112
10X-RAY DIFFRACTION4H1222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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