PDB-2jb4: Isopenicillin N synthase with a 2-thiabicycloheptan-6-one product...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jb4

タイトル

Isopenicillin N synthase with a 2-thiabicycloheptan-6-one product analogue

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / PENICILLIN BIOSYNTHESIS / IRON / OXYGENASE / VITAMIN C / METAL-BINDING / B-LACTAM ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Stewart, A.C. / Clifton, I.J. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2007
タイトル: A Cyclobutanone Analogue Mimics Penicillin in Binding to Isopenicillin N Synthase.
著者: Stewart, A.C. / Clifton, I.J. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.

履歴

登録	2006年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jb4.cif.gz	155.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jb4.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2jb4_validation.pdf.gz	767.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jb4_full_validation.pdf.gz	769.2 KB	表示
XML形式データ	2jb4_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	2jb4_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jb4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1bk0S 1blz 1hb1 1hb2 1hb3 1hb4 1ips 1obn 1oc1 1odm 1odn 1qiq 1qje 1qjf 1uzw 1w03 1w04 1w05 1w06 1w3v 1w3x 2bjs 2bu9 2ivi 2ivj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ivj-d 2vbb-d 1w06-d 1odn-d 3zoi-d 2bu9-d 2bjs-d 1w04-d 1w3x-d 1w05-d 1oc1-d 1obn-d 4ekk-2 6tzi-4 5w12-3 1hb1-d 2b4u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.677, 71.273, 100.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: PJB703 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

#1: タンパク質

Isopenicillin N synthase / IPNS

分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: PJB703 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

-
非ポリマー , 5種, 408分子

#2: 化合物	ChemComp-A14 / (1S,4S,5S,7R)-7-{[(5S)-5-AMINO-5-CARBOXYPENTANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-6-OXO-2-THIABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-4-CARBOXYLIC ACID 分子量: 358.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₂O₆S
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 1.0M LITHIUM SULPHATE, 76MM TRIS/HCL, PH 8.5, 2.0MM FERROUS SULPHATE, 6.8 MM SUBSTRATE, 25MG/ML IPNS

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月7日 / 詳細: RH COATED TOROIDAL MIRRORS
放射	モノクロメーター: GE (2 2 0) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→30.9 Å / Num. obs: 80123 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 78.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	RIGID-BODY REFINEMENT	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BK0

1bk0

解像度: 1.3→57.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.366 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.ANISOTROPIC U FACTORS CALCULATED BY TLSANL FROM REFMAC TLS MODEL.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	4023	5 %	RANDOM
R_work	0.153	-	-	-
obs	0.154	76025	96.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→57.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2637	0	41	403	3081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.953	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.758	3	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.168	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.266	24.648	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.041	15	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.314	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.259	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.23	1.5	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.67	2	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.848	3	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.009	4.5	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.265	227
R_work	0.251	3918

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.183	-8.3218	-4.8026	13.2747	7.4159	5.7866	-0.047	0.0949	-0.0774	-0.2144	-0.2133	0.6201	-0.2591	-0.4712	0.2602	-0.0018	0.0177	-0.049	0.0523	-0.0003	0.0117	-3.28	36.811	-11.012
2	1.1201	0.4108	-0.3978	0.9749	-0.5965	2.1202	-0.0874	0.1448	0.0017	-0.1232	0.0394	-0.0434	0.0812	-0.091	0.048	0.034	-0.0103	-0.0122	0.0423	0.003	0.0104	6.95	31.667	-17.242
3	0.6029	0.5515	1.9554	1.1298	2.1105	6.5072	0.0633	-0.1218	-0.0586	0.1494	0.0008	-0.0115	0.0919	-0.2129	-0.0641	0.0185	-0.0084	0.0091	0.0159	0.0081	-0.0001	6.422	21.444	11.051
4	2.6965	0.1898	-0.1134	2.0727	1.4045	4.0342	0.0347	0.0138	0.0976	0.0104	0.0819	-0.1115	-0.1174	0.3756	-0.1165	0.0089	0.0036	-0.0045	0.0577	-0.0135	-0.0064	19.802	34.116	19.668
5	1.4521	-0.2723	-0.3998	0.687	0.2439	0.9416	-0.0017	-0.1212	0.0753	0.0504	0.0176	-0.0413	-0.024	0.0231	-0.0159	0.0268	0.0044	-0.0212	0.0303	-0.0048	0.0267	18.844	31.558	10.512
6	1.9506	1.2521	-0.3674	1.7251	0.0908	1.0004	0.0148	-0.1455	0.0105	0.146	-0.0237	0.0083	0.0975	0.0583	0.0089	0.0353	0.0185	-0.0055	0.0296	0.0095	0.0241	19.646	23.422	10.324
7	0.1454	-0.1781	0.4094	1.0462	-1.2875	2.6235	-0.0479	0.0713	0.0181	-0.1093	-0.0028	-0.0573	0.0598	0.0453	0.0508	0.0227	-0.0062	-0.0016	0.0266	0.0095	0.0142	15.569	29.241	-10.467
8	0.8149	-1.1878	1.7075	2.5236	-2.3072	3.9117	0.023	0.2032	0.0664	-0.222	-0.0847	-0.0875	0.1327	0.3078	0.0617	-0.0014	-0.0058	0.0077	0.0427	0.014	-0.0036	23.756	31.963	-12.606
9	6.0193	-0.1998	-4.0325	0.5064	0.0662	3.0093	0.0649	-0.0351	0.0402	0.0624	-0.0504	0.0609	-0.071	-0.0738	-0.0144	0.007	0.0045	-0.0135	0.0316	-0.0127	0.0193	7.433	31.954	8.562
10	2.8689	0.9591	0.5652	22.8239	-2.2274	1.9474	-0.0601	-0.1519	0.1953	1.7458	0.0169	0.0078	-0.469	-0.3741	0.0432	0.1415	0.0208	-0.0254	0.0341	-0.0316	-0.0017	-4.655	40.186	19.238
11	0.9514	-0.4242	-0.7618	0.967	0.5044	0.979	0.034	-0.0377	0.0931	0.0317	-0.0244	0.0985	-0.0735	-0.0615	-0.0096	0.0126	0.0064	-0.011	0.0218	-0.0076	0.0259	3.605	41.425	2.768
12	4.1044	2.5899	-1.1717	8.2077	-1.3681	2.5087	0.0382	0.1316	0.2909	-0.2948	-0.0806	0.2762	-0.0652	-0.0704	0.0424	-0.0068	0.037	-0.028	0.0406	-0.008	0.0311	-3.161	42.784	-3.151
13	0.7178	0.0102	-0.3439	0.5139	0.0367	0.6196	0.0175	0.0153	0.0635	-0.0577	-0.0226	0.0325	-0.0548	-0.0392	0.0051	0.0161	0.0033	-0.0144	0.0187	0.0008	0.0244	7.502	38.641	-3.132
14	2.5945	-2.0625	4.1159	3.5807	-5.7785	10.7494	-0.0181	0.2073	0.0915	-0.0133	0.0075	-0.0907	-0.4857	0.1552	0.0106	0.0689	0.0011	0.0299	0.0163	0.0252	0.0077	22.554	45.727	-15.519
15	0.9067	-0.2933	-0.395	1.2705	0.1684	1.5939	-0.0039	-0.1443	0.0595	0.1044	-0.0195	-0.0126	-0.1358	0.0848	0.0234	0.0146	-0.0164	-0.0051	-0.0211	-0.0083	0.04	19.596	46.348	0.276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	87 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	120 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	144 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	167 - 179
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	180 - 192
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	193 - 199
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	200 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	228 - 244
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	245 - 288
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	289 - 304
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	305 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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