PDB-2j9w: Structural insight into the ESCRT-I-II link and its role in MVB t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j9w

タイトル

Structural insight into the ESCRT-I-II link and its role in MVB trafficking

要素

VPS28-PROV PROTEIN

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / NZF FINGER / HIV BUDDING

機能・相同性

機能・相同性情報

ESCRT I complex / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway
類似検索 - 分子機能

生物種

XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Gill, D.J. / Teo, H.L. / Sun, J. / Perisic, O. / Veprintsev, D.B. / Emr, S.D. / Williams, R.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Insight Into the Escrt-I/-II Link and its Role in Mvb Trafficking.
著者: Gill, D.J. / Teo, H. / Sun, J. / Perisic, O. / Veprintsev, D.B. / Emr, S.D. / Williams, R.L.

履歴

登録	2006年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j9w.cif.gz	55.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j9w.ent.gz	41.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2j9w_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j9w_full_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示
XML形式データ	2j9w_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	2j9w_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j9uC 2j9vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mon-3 2rfj-1 4mls-d 4djg-d 4nnr-2 6qfj-2 4g4f-d 6qfj-1 3lrg-1 3w7z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VPS28-PROV PROTEIN

B: VPS28-PROV PROTEIN

24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VPS28-PROV PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VPS28-PROV PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.997, 89.713, 40.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999673, 0.025394, -0.002661), (-0.022532, -0.828357, 0.559745), (0.012009, 0.559623, 0.82866)
ベクター: 19.7614, 6.4353, -2.0893)

#1: タンパク質	VPS28-PROV PROTEIN / VPS28 分子量: 12000.693 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 123-221 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q7T0W4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 15-25% PEG 600, 0.15M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M GUANIDINE HYDROCHLORIDE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月12日 / 詳細: TORODIAL MIRROR
放射	モノクロメーター: KHOZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→44.86 Å / Num. obs: 8573 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.57
反射シェル	解像度: 2.2→2.23 Å / 冗長度: 1.17 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / % possible all: 45.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SE DATASET FROM SEMET SUBSTITUTED CRYSTAL

解像度: 1.3→44.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 0.987 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	2027	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.202	37809	88.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0 Å²	-0.14 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→44.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1638	0	0	134	1772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.964	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.421	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.52	24.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.919	15	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.99	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.268	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.162	1.5	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.773	2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.004	3	707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.382	4.5	625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.288	90
R_work	0.288	1273

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5147	-6.4066	0.5915	16.6869	-0.8188	1.4365	0.0448	0.0602	-0.1291	-0.1173	-0.0486	-0.3375	0.0746	0.1373	0.0037	0.1095	-0.0069	-0.0012	0.1222	-0.0111	0.1018	17.6486	8.634	28.5673
2	0.9692	0.2173	-0.1035	3.0552	2.8273	5.7403	-0.0152	0.0074	-0.0156	0.0427	0.0619	-0.0891	0.1365	0.1335	-0.0467	0.0428	0.0026	-0.0033	0.041	0.0101	0.0576	12.9779	20.4084	40.9041
3	5.8869	3.8606	-1.5563	5.86	-1.1661	1.6768	0.011	-0.1982	0.0142	0.2317	-0.0204	0.2184	0.1111	-0.1708	0.0095	0.0797	0.0144	-0.006	0.0792	-0.0048	0.0695	15.0394	29.6413	54.3778
4	2.6359	1.3988	1.9054	2.4859	3.0443	5.3761	-0.0104	0.0312	0.0009	-0.0136	0.0312	-0.0589	-0.003	0.1041	-0.0209	0.0428	0.0102	0.0069	0.0411	0.0034	0.0685	18.958	28.1281	40.0465
5	1.5362	-0.5973	-1.3673	3.8258	0.7492	1.6841	0.0083	0.1234	0.1365	-0.1806	-0.0394	0.1371	-0.1551	-0.1357	0.0311	0.1144	-0.0102	0.0036	0.116	-0.0048	0.092	10.968	25.4587	26.9714
6	4.996	3.6491	4.3179	6.351	-0.0633	6.54	-0.0055	0.0658	0.1744	-0.0781	-0.0572	0.3626	-0.1738	-0.3433	0.0627	0.0674	0.0018	-0.0004	0.0608	0.0116	0.0745	7.2442	31.7621	34.2682
7	1.8155	0.4751	1.6771	0.1585	0.5508	1.9158	-0.0642	0.0342	0.1879	0.014	0.0121	-0.1012	-0.1626	0.1996	0.052	0.0626	0.0007	0.0034	0.0545	-0.002	0.0681	17.6114	38.1761	43.8888
8	3.8949	1.7024	1.436	3.2078	1.348	3.1288	-0.0145	-0.1514	0.0941	0.0813	-0.0049	0.0333	-0.0894	-0.0559	0.0195	0.048	0.009	0.0071	0.0411	0	0.0483	8.7333	35.4861	50.756
9	3.8371	0.4676	0.6169	5.6564	2.5504	7.4002	0.0118	0.1415	-0.1867	-0.131	-0.1007	0.2806	0.2369	-0.3376	0.0889	0.0323	0.0097	0.0059	0.045	0.0122	0.0689	2.9009	23.3846	36.582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	31 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	53 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	61 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	67 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	82 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	95 - 108

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