PDB-2j7j: Invariance of the zinc finger module: a comparison of the free st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j7j

タイトル

Invariance of the zinc finger module: a comparison of the free structure with those in nucleic-acid complexes

要素

TRANSCRIPTION FACTOR IIIA

キーワード

TRANSCRIPTION / ZINC FINGER MODULE / ALTERNATIVE INITIATION / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / HYDROPHOBIC CORE / ZINC / RNA-BINDING / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / POLYMORPHISM / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosomal large subunit biogenesis / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lu, D. / Klug, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Invariance of the Zinc Finger Module: A Comparison of the Free Structure with Those in Nucleic-Acid Complexes.
著者: Lu, D. / Klug, A.

履歴

登録	2006年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j7j.cif.gz	34.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j7j.ent.gz	23.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j7j_validation.pdf.gz	362 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j7j_full_validation.pdf.gz	362 KB	表示
XML形式データ	2j7j_validation.xml.gz	3 KB	表示
CIF形式データ	2j7j_validation.cif.gz	4.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tf3 1tf6 1un6
類似構造データ	1s5p-d 6egy-d 5g58-1 2ze8-3 2ho4-2 6ovp-d 5u8k-1 3ilm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (7) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (7)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (6)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA

ヘテロ分子

10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA

ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.954, 50.954, 173.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	TRANSCRIPTION FACTOR IIIA / FACTOR A / TFIIIA / S-TFIIIA/O-TFIIIA 分子量: 10056.620 Da / 分子数: 1 / 断片: ZINC FINGER 4-6, RESIDUES 127-210 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル) Cell: OOCYTE / プラスミド: PET13A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03001
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 25MM MGSO4, 50MM TRIS.HCL PH8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791, 1.2824, 1.2828, 1.2651

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	1.2824	1
3	1.2828	1
4	1.2651	1

反射

解像度: 1.65→57.83 Å / Num. obs: 17038 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.2

反射シェル

解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.65→44.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 1.828 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.088
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	858	5.1 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.218	16099	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.42 Å²	0.71 Å²	0 Å²
2-	-	1.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	703	0	8	128	839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	742
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.878	1.917	996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.694	3	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.517	5	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.298	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.113	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.62	1.5	425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.196	2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.362	3	317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.266	4.5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.251	71
R_work	0.252	1143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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