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- PDB-2j6w: R164N mutant of the RUNX1 Runt domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j6w
タイトルR164N mutant of the RUNX1 Runt domain
要素RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION/DNA / CHLORIDE BINDING / ACUTE MYELOID LEUKEMIA / TRANSCRIPTION REGULATION / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / AML / RUNX1 / IG FOLD / RUNT DOMAIN / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hair follicle cell proliferation / SLC-mediated transport of organic cations / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) ...regulation of hair follicle cell proliferation / SLC-mediated transport of organic cations / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / core-binding factor complex / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell maturation / myeloid leukocyte differentiation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / neuron fate commitment / Estrogen-dependent gene expression / myeloid progenitor cell differentiation / myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / embryonic hemopoiesis / hair follicle morphogenesis / hemopoiesis / regulation of cell differentiation / basement membrane / behavioral response to pain / regulation of signal transduction / chondrocyte differentiation / response to retinoic acid / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / neuron development / positive regulation of interleukin-2 production / ossification / transcription corepressor binding / central nervous system development / skeletal system development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / liver development / transcription coactivator binding / positive regulation of type II interferon production / neuron differentiation / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / gene expression / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Runt-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Grembecka, J. / Zhe, L. / Lukasik, S.M. / Liu, Y. / Bielnicka, I. / Bushweller, J.H. / Speck, N.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Mutation in the S-Switch Region of the Runt Domain Alters the Dynamics of an Allosteric Network Responsible for Cbfbeta Regulation.
著者: Li, Z. / Lukasik, S.M. / Liu, Y. / Grembecka, J. / Bielnicka, I. / Bushweller, J.H. / Speck, N.A.
履歴
登録2006年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
B: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1036
ポリマ－30,9612
非ポリマー1424
水88349
1
A: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5513
ポリマ－15,4801
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5513
ポリマ－15,4801
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.948, 46.497, 63.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1 / CORE-BINDING FACTOR ALPHA 2 SUBUNIT / CBF-ALPHA 2 / ACUTE MYELOID LEUKEMIA 1 PROTEIN / ONCOGENE AML- ...CORE-BINDING FACTOR ALPHA 2 SUBUNIT / CBF-ALPHA 2 / ACUTE MYELOID LEUKEMIA 1 PROTEIN / ONCOGENE AML-1 / POLYOMAVIRUS ENHANCER-BINDING PROTEIN 2 ALPHA B SUBUNIT / PEBP2-ALPHA B / PEA2-ALPHA B / SL3-3 ENHANCER FACTOR 1 ALPHA B SUBUNIT / SL3/AKV CORE-BINDING FACTOR ALPHA B SUBUNIT / R164N MUTANT OF THE RUNX1 RUNT DOMAIN


分子量: 15480.460 Da / 分子数: 2 / 断片: RUNT DOMAIN, RESIDUES 46-185 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYS / 参照: UniProt: Q03347
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 72 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 72 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 164 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 72 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 164 TO ASN
配列の詳細R164N

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 22% PEG 8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH=6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: BUILT IN ANL / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月18日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 7962 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EAO

1eao


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 26.087 / SU ML: 0.272 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 776 9.7 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.214 7186 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å2-1.01 Å2
2---1.95 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 4 49 1947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2381.952638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.77434114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7695246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.47923.65982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.07115304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.0511514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1180.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0940.21512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1250.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.060.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0680.264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0410.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0810.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0580.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0811.51595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.09522016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.133797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2154.5622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.387 43
Rwork0.273 384
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.09340.2526-0.24085.99791.90866.27810.0708-0.04950.04430.0567-0.16050.0784-0.0006-0.08060.0897-0.2292-0.05380.05340.11090.0164-0.33477.94517.21815.525
22.2661.2688-0.20822.80490.18946.0319-0.0423-0.03440.0615-0.04950.04020.1474-0.18390.05390.0021-0.2214-0.03760.06970.11370.0108-0.258329.848-17.09718.747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A50 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2B50 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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