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- PDB-2j3t: The crystal structure of the bet3-trs33-bet5-trs23 complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j3t
タイトルThe crystal structure of the bet3-trs33-bet5-trs23 complex.
要素(TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT ...) x 4
キーワードTRANSPORT / TRAPP / PALMITATE / LIPOPROTEIN / ER-GOLGI TRANSPORT / GOLGI APPARATUS / PROTEIN TRANSPORT / VESICLE TRANSPORT / ENDOPLASMIC RETICULUM / MULTISUBUNIT TETHERING FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / cis-Golgi network membrane / cis-Golgi network ...vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / cis-Golgi network membrane / cis-Golgi network / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi stack / COPII-mediated vesicle transport / presynaptic active zone / Syndecan interactions / dendrite development / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / trans-Golgi network / postsynaptic density membrane / autophagy / synaptic vesicle / Golgi membrane / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #70 / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 ...Beta-Lactamase - #70 / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit 6A / Trafficking protein particle complex subunit 1 / Trafficking protein particle complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Oh, B.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Architecture of the Multisubunit Trapp I Complex Suggests a Model for Vesicle Tethering.
著者: Kim, Y. / Raunser, S. / Munger, C. / Wagner, J. / Song, Y. / Cygler, M. / Walz, T. / Oh, B. / Sacher, M.
履歴
登録2006年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
B: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A
C: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1
D: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6015
ポリマ－79,3444
非ポリマー2561
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9340 Å2
ΔGint-56.3 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.602, 66.336, 200.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 / BET3 HOMOLOG


分子量: 20452.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PPROEXHTA, PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55013
#2: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A


分子量: 17620.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEXHTA, PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75865
#3: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1


分子量: 16905.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PPROEXHTA, PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5NCF2
#4: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4 / SYNBINDIN / TRS23 HOMOLOG / HEMATOPOIETIC STEM/PROGENITOR STEM/PROGENITOR CELL PROTEIN 172


分子量: 24365.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEXHTA, PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y296

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非ポリマー , 2種, 133分子

#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 20% (W/V) PEG 3350, 0.28 M LITHIUM SULFATE AND 0.1 M TRIS HCL (PH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 25464 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.2
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 78.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 1373 4.4 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
obs0.2074 28295 91.4 %-
溶媒の処理Bsol: 18.8036 Å2 / ksol: 0.313366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.956 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----3.656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5247 0 17 132 5396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0078
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2625
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2PLM.PAR
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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