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- PDB-2pwn: Crystal structure of BET3 homolog (13277653) from Mus musculus at... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pwn | |||||||||
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Title | Crystal structure of BET3 homolog (13277653) from Mus musculus at 2.04 A resolution | |||||||||
![]() | Trafficking protein particle complex subunit 3 | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / 13277653 / Transport protein particle (TRAPP) component / Bet3 / BET3 homolog / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | |||||||||
Function / homology | ![]() vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / cis-Golgi network membrane / COPII vesicle coating / intra-Golgi vesicle-mediated transport ...vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / cis-Golgi network membrane / COPII vesicle coating / intra-Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of BET3 homolog (13277653) from Mus musculus at 2.04 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 45.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 33.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 442.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22160.896 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-MYR / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: NANODROP, 0.4M NH4H2PO3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.04→23.156 Å / Num. obs: 12800 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 38.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. MYRISTIC ACID MODELED BASED ON RELATED STRUCTURE (1WC9). 4. CYS 68 IS COVALENTLY ...Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. MYRISTIC ACID MODELED BASED ON RELATED STRUCTURE (1WC9). 4. CYS 68 IS COVALENTLY BOUND TO MYRISTIC ACID. 5. THERE WAS INSUFFICIENT DENSITY TO MODEL RESIDUES 117-120.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.498 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→23.156 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 35.842 Å / Origin y: 39.124 Å / Origin z: 8.13 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |