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- PDB-1wc8: The crystal structure of mouse bet3p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wc8
タイトルThe crystal structure of mouse bet3p
要素TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / VESICLE TRANSPORT / TETHERING FACTOR / TRAPP / GOLGI STACK / ENDOPLASMIC RETICULUM
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Golgi membrane ...vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trafficking protein particle complex subunit 3 / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Trafficking protein particle complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, Y.-G. / Sacher, M. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Bet3 Reveals a Novel Mechanism for Golgi Localization of Tethering Factor Trapp
著者: Kim, Y.-G. / Sohn, E.J. / Seo, J. / Lee, K.-J. / Lee, H.-S. / Hwang, I. / Whiteway, M. / Sacher, M. / Oh, B.-H.
履歴
登録2004年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5522
ポリマ－20,3241
非ポリマー2281
水1,20767
1
A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT3
ヘテロ分子

A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1054
ポリマ－40,6482
非ポリマー4572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.246, 54.246, 113.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT3 / BET3 HOMOLOG / BET3P


分子量: 20324.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX 4T1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55013
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化pH: 5.8
詳細: 28% POLYETHYLENE GLYCOL 600, 5% POLYETHYLENE GLYCOL 1000, 10% GLYCEROL, AND 0.1 M MES (PH 5.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.9728, 0.97942, 0.97175
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97281
20.979421
30.971751
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 141514 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.9→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 697 5 %RANDOM
Rwork0.2171 ---
obs0.2171 13805 99.1 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.375 Å20 Å20 Å2
2--1.375 Å20 Å2
3----2.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1273 0 15 67 1355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0134
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5958
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2MYR.PAR
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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