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- PDB-2j3f: L-ficolin complexed to N-acetyl-D-galactosamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j3f
タイトルL-ficolin complexed to N-acetyl-D-galactosamine
要素(FICOLIN-2) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / COLLAGEN / IMMUNOLOGY / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan binding / recognition of apoptotic cell / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / opsonization / complement activation, lectin pathway / carbohydrate derivative binding / collagen trimer ...mannan binding / recognition of apoptotic cell / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / opsonization / complement activation, lectin pathway / carbohydrate derivative binding / collagen trimer / serine-type endopeptidase complex / proteoglycan binding / Initial triggering of complement / antigen binding / calcium-dependent protein binding / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / blood microparticle / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain ...Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / Ficolin-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garlatti, V. / Gaboriaud, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights Into the Innate Immune Recognition Specificities of L- and H-Ficolins.
著者: Garlatti, V. / Belloy, N. / Martin, L. / Lacroix, M. / Matsushita, M. / Endo, Y. / Fujita, T. / Fontecilla-Camps, J.C. / Arlaud, G.J. / Thielens, N.M. / Gaboriaud, C.
履歴
登録2006年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FICOLIN-2
B: FICOLIN-2
C: FICOLIN-2
D: FICOLIN-2
E: FICOLIN-2
F: FICOLIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,50920
ポリマ－149,0566
非ポリマー3,45414
水95553
1
A: FICOLIN-2
B: FICOLIN-2
C: FICOLIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,30310
ポリマ－74,5213
非ポリマー1,7827
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: FICOLIN-2
E: FICOLIN-2
F: FICOLIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,20610
ポリマ－74,5343
非ポリマー1,6727
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.825, 96.825, 141.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
31D
41E
51F
12D
22B
32E
42F
13C
23B
33E
43F
14B
24D
34E
15C
25F
16D
26F
17B
27E

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRLEULEUBB79 - 8410 - 15
211THRTHRLEULEUCC79 - 8410 - 15
311THRTHRLEULEUDD79 - 8410 - 15
411THRTHRLEULEUEE79 - 8410 - 15
511THRTHRLEULEUFF79 - 8410 - 15
121GLYGLYILEILEBB87 - 9618 - 27
221GLYGLYILEILECC87 - 9618 - 27
321GLYGLYILEILEDD87 - 9618 - 27
421GLYGLYILEILEEE87 - 9618 - 27
521GLYGLYILEILEFF87 - 9618 - 27
131VALVALGLNGLNBB106 - 12137 - 52
231VALVALGLNGLNCC106 - 12137 - 52
331VALVALGLNGLNDD106 - 12137 - 52
431VALVALGLNGLNEE106 - 12137 - 52
531VALVALGLNGLNFF106 - 12137 - 52
141SERSERALAALABB184 - 191115 - 122
241SERSERALAALACC184 - 191115 - 122
341SERSERALAALADD184 - 191115 - 122
441SERSERALAALAEE184 - 191115 - 122
541SERSERALAALAFF184 - 191115 - 122
112ARGARGALAALADD123 - 15754 - 88
212ARGARGALAALABB123 - 15754 - 88
312ARGARGALAALAEE123 - 15754 - 88
412ARGARGALAALAFF123 - 15754 - 88
113ASPASPASNASNCC224 - 231155 - 162
213ASPASPASNASNBB224 - 231155 - 162
313ASPASPASNASNEE224 - 231155 - 162
413ASPASPASNASNFF224 - 231155 - 162
114SERSERGLYGLYBB248 - 271179 - 202
214SERSERGLYGLYDD248 - 271179 - 202
314SERSERGLYGLYEE248 - 271179 - 202
115SERSERGLYGLYCC248 - 271179 - 202
215SERSERGLYGLYFF248 - 271179 - 202
116GLYGLYARGARGDD273 - 286204 - 217
216GLYGLYARGARGFF273 - 286204 - 217
117GLYGLYARGARGBB273 - 286204 - 217
217GLYGLYARGARGEE273 - 286204 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCEFD

#1: タンパク質
FICOLIN-2 / COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / FICOLIN-B / FICOLIN B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 ...COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / FICOLIN-B / FICOLIN B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 / HUCOLIN / L-FICOLIN


分子量: 24840.459 Da / 分子数: 5 / 断片: BINDING DOMAIN, RESIDUES 95-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15485
#2: タンパク質 FICOLIN-2 / COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / FICOLIN-B / FICOLIN B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 ...COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / FICOLIN-B / FICOLIN B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 / HUCOLIN / L-FICOLIN


分子量: 24853.457 Da / 分子数: 1 / 断片: BINDING DOMAIN, RESIDUES 95-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15485

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 61分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#8: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CONFLICTS BETWEEN UNP SEQUENCE AND COORDINATES: THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE IT EXISTS POINTS OF ...CONFLICTS BETWEEN UNP SEQUENCE AND COORDINATES: THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE IT EXISTS POINTS OF POLYMORPHISM IN L FICOLIN FOR 247 ET 168. THE CDNA USED CORRESPONDS TO ONE REPANDED ALLELE AND THE SEQUENCE IN UNP TO ANOTHER

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9698
検出器日付: 2004年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9698 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.92 Å / Num. obs: 35520 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JC9

1jc9


解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 17.702 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1808 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 34351 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20.59 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10372 0 220 53 10645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02110952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9221.92814832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.28351322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.67623.573571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.453151588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5661571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.34941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.57276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.5705
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.360.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.53726585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.945310265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.55835055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8944566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B156tight positional00.05
12C156tight positional00.05
13D156tight positional00.05
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15F156tight positional00.05
21D140tight positional00.05
22B140tight positional00.05
23E140tight positional00.05
24F140tight positional00.05
31C32tight positional00.05
32B32tight positional00.05
33E32tight positional00.05
34F32tight positional00.05
41B96tight positional00.05
42D96tight positional00.05
43E96tight positional00.05
51C96tight positional00.05
61D56tight positional00.05
71B56tight positional00.05
11B139medium positional0.040.5
12C139medium positional0.040.5
13D139medium positional0.060.5
14E139medium positional0.040.5
15F139medium positional0.040.5
21D150medium positional0.050.5
22B150medium positional0.040.5
23E150medium positional0.040.5
24F150medium positional0.050.5
31C27medium positional0.050.5
32B27medium positional0.060.5
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34F27medium positional0.070.5
41B88medium positional0.040.5
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43E88medium positional0.050.5
51C87medium positional0.030.5
61D64medium positional0.070.5
71B64medium positional0.030.5
11B156tight thermal0.134
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15F139medium thermal0.074
21D150medium thermal0.134
22B150medium thermal0.084
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24F150medium thermal0.074
31C27medium thermal0.094
32B27medium thermal0.14
33E27medium thermal0.064
34F27medium thermal0.14
41B88medium thermal0.094
42D88medium thermal0.174
43E88medium thermal0.094
51C87medium thermal0.054
61D64medium thermal0.164
71B64medium thermal0.064
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 175 -
Rwork0.322 3328 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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