PDB-2j2c: Crystal structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II (NT5C2, cN-II)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j2c

タイトル

Crystal structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II (NT5C2, cN-II)

要素

CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

キーワード

HYDROLASE / CYTOSOLIC 5-PRIME NUCLEOTIDASE II / ALLOSTERIC ENZYME / GMP- IMP SPECIFIC NUCLEOTIDASE / HIGH KM 5-PRIME NUCLEOTIDASE / CN- II / NT5C2 / CYTOSOLIC PURINE 5- PRIME NUCLEOTIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wallden, K. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Cytosolic 5'- Nucleotidase II: Insights Into Allosteric Regulation and Substrate Recognition
著者: Wallden, K. / Stenmark, P. / Nyman, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Loppnau, P. / Bianchi, V. / Nordlund, P.

履歴

登録	2006年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年3月4日	Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j2c.cif.gz	124.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j2c.ent.gz	93.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/2j2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/2j2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cn1C 2jc9C 2jcmC 2jgaC 2bdeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h4b-2 2jcm-1 2v5z-d 2vrm-d 2byb-d 1oja-d 5cni-d 1ojd-2 3qh0-d 1diy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

ヘテロ分子

64.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

ヘテロ分子

A: CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.465, 128.034, 130.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE / 5'-NUCLEOTIDASE CYTOSOLIC II / CYTOSOLIC PURINE 5'-NUCLEOTIDASE 分子量: 64088.930 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-536 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: P28A-LIC / 細胞株 (発現宿主): ROSETTA2(DE) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	OUR CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 1-536 OUT OF THE 561 AMINO ACIDS. ADDITIONALLY IT CONTAINS AN N- ...OUR CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 1-536 OUT OF THE 561 AMINO ACIDS. ADDITIONALLY IT CONTAINS AN N-TERMINAL HISTAG MGSSHHHHHHSSGLVPRGS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化	詳細: 1.8 M MG2SO4 0.1 M TRIS PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9196
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→91.29 Å / Num. obs: 39212 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 23.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BDE

2bde

解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.989 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 3-400 AND 417-488 OUT OF 536 RESIDUES ARE MODELLED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	1967	5 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.154	37234	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3828	0	37	445	4310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.97	5501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.958	5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.779	23.265	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.102	15	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.438	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.772	1.5	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.206	2	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.105	3	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.171	4.5	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.208	135
R_work	0.149	2730

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.993	3.7112	0.3484	5.4418	1.3421	1.84	-0.0218	-0.0387	0.4494	-0.244	0.0406	0.1084	-0.2665	-0.0127	-0.0188	0.1753	0.0115	-0.0041	-0.0669	0.0587	-0.0548	7.715	42.684	38.406
2	0.7773	0.2215	0.0569	0.4417	0.0899	0.5311	0.0205	0.047	0.0031	-0.0313	-0.0002	0.0059	-0.0335	-0.0179	-0.0203	0.0977	0.0098	-0.0088	-0.0489	0.016	-0.0735	-6.261	22.666	44.09
3	0.9658	1.7461	1.4363	4.0688	0.8166	5.6126	-0.1522	-0.1021	0.1889	0.0738	-0.1678	0.2563	-0.2406	-0.6072	0.32	0.1021	0.0146	0.0059	0.0284	-0.027	-0.0768	-20.676	22.272	59.573
4	1.0263	0.4045	-1.1928	1.6961	-0.1647	1.4471	-0.0574	0.1018	-0.0946	0.0539	0.0586	0.0631	0.0428	0.0308	-0.0012	0.1025	0.031	-0.0161	-0.059	0.0055	-0.0466	-16.319	15.721	44.967
5	4.5391	2.3003	-2.1588	2.0468	-1.0833	1.5007	-0.1334	0.1151	-0.2089	-0.0535	0.0766	-0.0585	0.1462	-0.0064	0.0567	0.1121	0.0105	-0.0473	-0.0294	-0.0183	-0.0675	-9.797	12.177	39.02
6	1.1707	0.6668	-0.3746	0.9665	-0.5278	1.1034	0.0211	0.0862	0.0374	-0.0173	-0.0297	-0.0436	-0.1277	0.061	0.0086	0.1028	-0.0134	0.0343	-0.0287	0.0155	-0.0418	18.034	25.015	35.757
7	1.1463	-0.8343	-0.4945	2.1864	0.4621	0.4594	-0.0102	-0.0061	-0.0464	-0.0573	-0.0139	-0.0576	0.0698	0.0748	0.0241	0.0885	-0.0214	0.015	-0.027	0.0194	-0.0801	13.949	17.883	48.702
8	14.2793	-2.3561	-11.0301	4.2887	5.1693	21.7034	0.2	0.2102	0.6014	0.341	-0.0778	0.1221	-1.2277	-1.3459	-0.1222	0.2309	0.2248	-0.067	-0.0505	0.0031	0.0492	-17.181	45.819	56.057
9	1.3374	0.4471	0.2158	0.9869	0.2177	1.8068	-0.0265	-0.0739	0.1574	-0.0639	-0.0188	0.0942	-0.2144	0.013	0.0453	0.129	0.0063	-0.0073	-0.0966	0.006	-0.0618	-1.172	35.481	50.943
10	5.0793	1.0924	-10.7595	0.8546	0.0965	32.1681	0.5867	0.0285	0.3887	-0.2757	0.1601	-0.233	-1.4912	0.2761	-0.7468	0.2724	0.0075	0.066	-0.0276	0.0383	0.0891	5.111	41.228	70.186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	126 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	147 - 179
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	180 - 229
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	230 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	289 - 381
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	382 - 424
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	425 - 477
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	478 - 488

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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