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- PDB-2izx: Molecular Basis of AKAP Specificity for PKA Regulatory Subunits -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2izx
タイトルMolecular Basis of AKAP Specificity for PKA Regulatory Subunits
要素
  • AKAP-IS
  • CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II-ALPHA REGULATORY SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / CAMP-BINDING / PHOSPHORYLATION / NUCLEOTIDE-BINDING / PKA / CAMP / AKAP / ANCHOR / KINASE / ACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent protein kinase regulator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase complex / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding ...cAMP-dependent protein kinase regulator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase complex / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding / plasma membrane raft / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / cAMP binding / Hedgehog 'off' state / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DITHIANE DIOL / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Gold, M.G. / Lygren, B. / Dokurno, P. / Hoshi, N. / McConnachie, G. / Tasken, K. / Carlson, C.R. / Scott, J.D. / Barford, D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Molecular Basis of Akap Specificity for Pka Regulatory Subunits.
著者: Gold, M.G. / Lygren, B. / Dokurno, P. / Hoshi, N. / Mcconnachie, G. / Tasken, K. / Carlson, C.R. / Scott, J.D. / Barford, D.
履歴
登録2006年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II-ALPHA REGULATORY SUBUNIT
B: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II-ALPHA REGULATORY SUBUNIT
C: AKAP-IS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9615
ポリマ－11,6563
非ポリマー3042
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.352, 45.251, 56.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II-ALPHA REGULATORY SUBUNIT / CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE REGULATORY SUBUNIT II


分子量: 4790.473 Da / 分子数: 2 / 断片: 3-43 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P13861, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド AKAP-IS


分子量: 2075.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL / 1,2-ジチアン-4α,5β-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月5日 / 詳細: CYLINDRICAL GRAZING INCIDENCE MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→35.4 Å / Num. obs: 26863 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 4.35 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RII APO CRYSTAL STRUCTURE

解像度: 1.3→28.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.469 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.Q4 IN AKAP-IS IS MODELLED AS ALANINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1348 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 25468 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数800 0 16 99 915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8052.0131122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.787595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.06424.04842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.01215140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.621158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1671.5509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7062800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9273356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5824.5322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.353 105
Rwork0.316 1845

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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