PDB-2ixy: Solution structure of the apical stem-loop of the human hepatitis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ixy

タイトル

Solution structure of the apical stem-loop of the human hepatitis B virus encapsidation signal

要素

5'-R(*GP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*GP *CP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*C)-3'

キーワード

RNA / HBV / RDC / PSEUDO TRILOOP

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

HEPATITIS B VIRUS (B 型肝炎ウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Flodell, S. / Petersen, M. / Girard, F. / Zdunek, J. / Kidd-Ljunggren, K. / Schleucher, J. / Wijmenga, S.S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of the apical stem-loop of the human hepatitis B virus encapsidation signal.
著者: Flodell, S. / Petersen, M. / Girard, F. / Zdunek, J. / Kidd-Ljunggren, K. / Schleucher, J. / Wijmenga, S.

履歴

登録	2006年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ixy.cif.gz	383.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ixy.ent.gz	319.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ixy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ixy_validation.pdf.gz	323.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ixy_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	2ixy_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	2ixy_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ixy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ixy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ixzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1f78-d 1syz-d 1dc0-d 1byj-d 2kf0-d 2r21-d 1f7f-d 1f7g-d 6fc9-d 2r22-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
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SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
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#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
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#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-R(*GP*GP*CP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*GP *CP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*CP*C)-3'

8.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	23 / 100
代表モデル

#1: RNA鎖	5'-R(GPGPCPCPUPCPCPAPAPGP CPUPGPUPGPCPCPUPUPGPGPGPUPGPGPCPC)-3' / APICAL STEM-LOOP FROM HBV EPSILON 分子量: 8649.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成由来: (合成) HEPATITIS B VIRUS (B 型肝炎ウイルス)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	HSQC

NMR実験の詳細

Text: NONE

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試料調製

詳細	内容: D2O, 10% D2O/90% H2O
試料状態	イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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関連情報:EMDBヘッダ

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