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- PDB-2iwo: 12th PDZ domain of Multiple PDZ Domain Protein MPDZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iwo
タイトル12th PDZ domain of Multiple PDZ Domain Protein MPDZ
要素MULTIPLE PDZ DOMAIN PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / SGC / MUPP1 / MUPP-1 / PDZ DOMAIN / HOST-VIRUS INTERACTION / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SYNAPTOSOME / TIGHT JUNCTION / ALTERNATIVE SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / postsynaptic density / apical plasma membrane / dendrite / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / : / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain ...Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / : / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple PDZ domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Yang, X. / Gileadi, C. / Schoch, G. / Johansson, C. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Smee, C.E.A. / Turnbull, A. / Pike, A. ...Elkins, J.M. / Yang, X. / Gileadi, C. / Schoch, G. / Johansson, C. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Smee, C.E.A. / Turnbull, A. / Pike, A. / Papagrigoriou, E. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Doyle, D.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Structure of Pick1 and Other Pdz Domains Obtained with the Help of Self-Binding C-Terminal Extensions.
著者: Elkins, J.M. / Papagrigoriou, E. / Berridge, G. / Yang, X. / Phillips, C. / Gileadi, C. / Savitsky, P. / Doyle, D.A.
履歴
登録2006年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MULTIPLE PDZ DOMAIN PROTEIN
B: MULTIPLE PDZ DOMAIN PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1012
ポリマ－25,1012
非ポリマー00
水2,054114
1
A: MULTIPLE PDZ DOMAIN PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5501
ポリマ－12,5501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MULTIPLE PDZ DOMAIN PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5501
ポリマ－12,5501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.483, 76.403, 32.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1808 - 1839
2114B1808 - 1839
1214A1844 - 1852
2214B1844 - 1852
1314A1860 - 1867
2314B1860 - 1867
1414A1876 - 1917
2414B1876 - 1917

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.72219, -0.10791, -0.68323), (-0.12442, -0.99191, 0.02515), (-0.68042, 0.06685, -0.72977)
ベクター: 17.98562, 62.46926, 35.07616)
詳細BIOLOGICAL ASSEMBLY: MONOMERIC IN SOLUTION

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要素

#1: タンパク質 MULTIPLE PDZ DOMAIN PROTEIN / MULTI PDZ DOMAIN PROTEIN 1 / MULTI-PDZ-DOMAIN PROTEIN 1


分子量: 12550.251 Da / 分子数: 2 / 断片: 12TH PDZ DOMAIN, RESIDUES 1831-1923 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 ROSETTA / 参照: UniProt: O75970
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.8983
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.21 Å / Num. obs: 21145 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FNE

2fne


解像度: 1.7→53.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.929 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1082 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 20020 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→53.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1344 0 0 114 1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.9731834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92132134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.265187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.41325.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89315227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.81155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2060.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3723958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.99351504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.0477429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.38811330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 748 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.440.5
medium thermal22
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.291 94
Rwork0.222 1423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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