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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ip4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Glycinamide Ribonucleotide Synthetase from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Phosphoribosylamine--glycine ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / GAR synthetase / PurD / thermus thermophilus / purine nucleotide / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / purine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sampei, G. / Baba, S. / Kanagawa, M. / Yanai, H. / Ishii, T. / Kawai, H. / Fukai, Y. / Ebihara, A. / Nakagawa, N. / Kawai, G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2010 タイトル: Crystal structures of glycinamide ribonucleotide synthetase, PurD, from thermophilic eubacteria 著者: Sampei, G. / Baba, S. / Kanagawa, M. / Yanai, H. / Ishii, T. / Kawai, H. / Fukai, Y. / Ebihara, A. / Nakagawa, N. / Kawai, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ip4.cif.gz | 164.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ip4.ent.gz | 131.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ip4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ip4_validation.pdf.gz | 457 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ip4_full_validation.pdf.gz | 491.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ip4_validation.xml.gz | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ip4_validation.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2ip4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2ip4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44888.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0811 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SK40, phosphoribosylamine-glycine ligase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, 30% PEGMME5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9843 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月6日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9843 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→60 Å / Num. all: 30609 / Num. obs: 29262 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GSO 解像度: 2.8→60 Å / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→60 Å
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