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- PDB-5unp: Structure of CDC2-Like Kinase 2 (CLK2) in Complex with Compound T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5unp
タイトルStructure of CDC2-Like Kinase 2 (CLK2) in Complex with Compound T-025 [N2-methyl-N4-(pyrimidin-2-ylmethyl)-5-(quinolin-6-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-2,4-diamine]
要素Dual specificity protein kinase CLK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein Kinase / Dual Specificity Protein Kinase / Inhibitor / Transferase / complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / response to ionizing radiation / regulation of RNA splicing / negative regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / nuclear body / nuclear speck / protein phosphorylation ...dual-specificity kinase / response to ionizing radiation / regulation of RNA splicing / negative regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / nuclear body / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8FY / Dual specificity protein kinase CLK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Klein, M.G. / Tjhen, R.
引用ジャーナル: Embo Mol Med / 年: 2018
タイトル: A novel CLK inhibitor exhibits anti-tumor efficacies via modulating pre-mRNA splicing and targeting a MYC-dependent vulnerability
著者: Iwai, K. / Yaguchi, M. / Klein, M.G.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK2
B: Dual specificity protein kinase CLK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5074
ポリマ－86,7422
非ポリマー7652
水724
1
A: Dual specificity protein kinase CLK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7542
ポリマ－43,3711
非ポリマー3821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dual specificity protein kinase CLK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7542
ポリマ－43,3711
非ポリマー3821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.252, 141.252, 124.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 137 - 483 / Label seq-ID: 10 - 356

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK2 / CDC-like kinase 2


分子量: 43371.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P49760, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-8FY / N~2~-methyl-N~4~-[(pyrimidin-2-yl)methyl]-5-(quinolin-6-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 382.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes (pH 7.0), 0.2M KBr, 0.2M KSCN, 0.4-1.8% PGA (poly-gama-glutamic acid) and 1-4% PEG MME M.W. 2,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2015年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 26725 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.92→38.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 15.428 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.05 / ESU R Free: 0.334 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23385 1333 5 %RANDOM
Rwork0.20062 ---
obs0.20229 25181 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 106.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.62 Å20 Å20 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3---5.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.92→38.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5762 0 58 5 5825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.958068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.734312706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8385692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19122.938320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.975151038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3241556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 22355 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.02 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.92→2.996 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 105 -
Rwork0.347 1850 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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