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万見
- PDB-2ip2: Structure of the Pyocyanin Biosynthetic Protein PhzM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ip2
タイトルStructure of the Pyocyanin Biosynthetic Protein PhzM
要素Probable phenazine-specific methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / phenazine / pyocyanin / phenazine-1-carboxylic acid / phzM
機能・相同性
機能・相同性情報


phenazine-1-carboxylate N-methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Acetylserotonin O-methyltransferase, dimerisation domain / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Acetylserotonin O-methyltransferase, dimerisation domain / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenazine-1-carboxylate N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Parsons, J.F. / Robinson, H. / Shi, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and functional analysis of the pyocyanin biosynthetic protein PhzM from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Parsons, J.F. / Greenhagen, B.T. / Shi, K. / Calabrese, K. / Robinson, H. / Ladner, J.E.
履歴
登録2006年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月11日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable phenazine-specific methyltransferase
B: Probable phenazine-specific methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7952
ポリマ－72,7952
非ポリマー00
水9,224512
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.970, 62.410, 68.750
Angle α, β, γ (deg.)97.47, 105.37, 108.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Probable phenazine-specific methyltransferase / Pyocyanin Biosynthetic Protein


分子量: 36397.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: phzM / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HWH2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The well solution contained 18-21% PEG 3350, 0.1M magnesium chloride, 0.1M MOPS, pH 7.0. The drops were formed by mixing equal volumes of protein (13.5 mg/ml) and well solution, VAPOR ...詳細: The well solution contained 18-21% PEG 3350, 0.1M magnesium chloride, 0.1M MOPS, pH 7.0. The drops were formed by mixing equal volumes of protein (13.5 mg/ml) and well solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月4日 / 詳細: Blue Max-flux confocal
放射モノクロメーター: Blue Max-flux confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.4 Å / Num. all: 60747 / Num. obs: 60747 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 7.36 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.31 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5841 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.312 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24739 3079 5.1 %RANDOM
Rwork0.19354 ---
obs0.1963 57471 93.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.601 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å2-0.74 Å2-1.1 Å2
2--0.08 Å2-0.23 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 0 512 5552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0225270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.9737135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0922.51251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.57215919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2491565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.22697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3421.53392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91425291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00432091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4584.51844
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.897 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 401 -
Rwork0.296 8073 -
obs--90.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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