PDB-2igs: Crystal Structure of the Protein of Unknown Function from Pseudom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2igs

タイトル

Crystal Structure of the Protein of Unknown Function from Pseudomonas aeruginosa

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / helix-bundles / alpha-beta / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

PA2222-like fold / PA2222-like domain / Protein of unknown function DUF3218 / PA2222-like domain superfamily / Protein of unknown function (DUF3218) / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Egorova, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein from Pseudomonas aeruginosa
著者: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Egorova, O. / Edwards, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2006年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2igs.ent.gz	308 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2igs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2igs	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5x9z-1 5gug-1 3wf3-d 3k72-2 5ekq-d 3k6s-3 5es4-4 3m17-d 3wf0-d 4ze8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5561

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

C: Hypothetical protein

D: Hypothetical protein

E: Hypothetical protein

F: Hypothetical protein

G: Hypothetical protein

H: Hypothetical protein

ヘテロ分子

194 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.424, 100.458, 140.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 23985.559 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9I1P7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1059 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25% PEG5K MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→28.52 Å / Num. all: 107066 / Num. obs: 107066 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 9259 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.17→28.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 11.73 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.225
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25017	10728	10 %	RANDOM
R_work	0.18728	-	-	-
all	0.19359	96251	-	-
obs	0.19359	96251	96.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.468 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	-1.04 Å²
2-	-	1.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→28.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13123	0	103	1059	14285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	14374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.97	19647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.546	5	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.744	24.066	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.455	15	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.459	15	109
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	7268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	10064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.219	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.217	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.578	1.5	9271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.937	2	14600
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.656	3	5771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.47	4.5	5047
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	649	-
R_work	0.232	5914	-
obs	-	5914	81.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.614	0.4663	0.671	4.7514	0.5986	4.2389	-0.2055	-0.1569	0.1368	-0.3054	0.3404	0.256	-0.1728	-1.1807	-0.1348	-0.0114	0.0759	-0.0124	0.5718	0.0611	0.033	24.87	59.446	-4.473
2	1.3591	-0.0036	0.4147	1.721	-0.8211	4.2678	-0.0868	-0.2063	-0.0368	-0.0266	0.2501	0.0496	0.2213	-0.7502	-0.1633	-0.0158	-0.0208	0.0176	0.4189	0.0107	0.0056	30.235	52.14	-0.204
3	1.7522	0.0993	0.9307	1.1287	-0.1633	3.0762	-0.0578	-0.1928	-0.1678	0.078	0.0856	-0.0295	0.077	-0.3431	-0.0278	0.0464	0.0697	0.011	0.2824	-0.0343	0.0542	40.815	52.611	10.554
4	1.9909	0.2355	-0.8651	2.3235	-0.5909	2.9736	0.003	0.0494	-0.195	0.2115	-0.0238	0.1782	0.0711	-0.1367	0.0208	0.1507	-0.068	-0.0151	0.1132	0.0327	0.1539	-24.531	49.816	46.369
5	0.856	-0.4403	-0.3029	2.2602	-1.3347	3.1883	0.0215	-0.2276	0.0988	0.7512	-0.0973	-0.2537	-0.5696	0.3451	0.0757	0.2237	-0.1548	-0.0465	0.09	0.0163	0.09	-15.83	59.137	55.422
6	4.5177	0.753	0.6915	1.3806	-0.8902	2.865	0.3211	0.3409	0.2494	-0.1644	-0.2098	0.1861	-0.3462	-0.4441	-0.1113	0.0854	-0.006	-0.0109	0.1036	0.0482	0.0049	-27.226	62.59	33.698
7	1.2511	-0.25	-1.1409	0.8082	-0.3182	1.7739	0.1322	0.0952	0.1495	-0.0633	0.0309	0.0246	-0.2431	0.0682	-0.1631	0.0839	-0.0867	-0.0161	0.1372	0.0167	0.0654	-11.745	65.61	32.991
8	3.1341	0.9487	-0.8761	1.6328	-0.14	0.8621	0.1469	-0.0169	-0.1097	0.1328	-0.1204	-0.0987	-0.1714	0.1177	-0.0265	0.1021	-0.0872	-0.0449	0.1442	0.0314	0.0696	-9.59	64.066	38.819
9	1.6886	0.3857	-0.362	3.1573	1.8208	4.9616	-0.0765	0.3423	0.0622	-0.1851	0.0526	0.3169	0.0342	-0.6406	0.0239	0.0813	-0.2114	-0.08	0.3973	0.096	0.13	-5.898	88.656	22.179
10	1.5351	0.2922	-0.8003	2.4145	1.4713	4.8241	0.0741	0.1813	0.2017	-0.1208	-0.0888	0.2117	-0.2826	-0.4005	0.0146	0.0911	-0.1105	-0.0505	0.2481	0.116	0.1153	2.064	95.924	23.301
11	1.3543	0.2563	-0.3961	1.0074	0.4513	1.8652	0.0372	-0.041	0.0245	0.1484	-0.0901	0.1116	0.226	-0.1877	0.0529	0.2081	-0.1353	-0.0051	0.1556	0.0532	0.1071	3.746	87.298	39.7
12	1.7375	1.1843	1.0711	0.9116	0.1996	3.3566	0.1858	0.1442	-0.215	0.1149	0.0533	-0.1755	0.5542	0.1885	-0.2391	0.1328	-0.0788	-0.0366	0.0937	0.0107	0.0641	15.08	83.965	37.416
13	4.3363	1.76	-0.6441	2.8566	1.3105	1.5275	0.0269	0.3086	-0.0524	0.2215	-0.0107	-0.1256	0.2615	-0.0031	-0.0162	0.1569	-0.1307	-0.019	0.1961	0.0269	0.06	7.808	88.507	33.982
14	2.066	-1.0014	0.9652	4.4605	-0.9672	3.7076	-0.1865	-0.043	-0.0532	0.3031	0.2631	-0.3962	0.0514	0.7651	-0.0766	-0.027	0.0033	-0.0351	0.3951	-0.0656	0.1018	27.914	54.372	44.799
15	1.2409	-0.2498	0.238	1.9218	0.5187	3.04	-0.1316	0.1062	0.0387	0.0277	0.1571	-0.1684	-0.0056	0.4664	-0.0255	0.0171	-0.0164	-0.01	0.2647	-0.0323	0.0619	20.81	54.224	41.079
16	1.4973	-0.494	0.4311	1.0832	0.3852	2.1789	-0.109	0.1716	-0.1261	-0.1053	0.1242	0.0603	0.1365	0.1926	-0.0152	0.0617	-0.0727	0.0157	0.2066	0.0077	0.0591	9.795	51.913	29.779
17	1.1976	-0.5139	2.1726	11.1238	-0.4798	4.4905	-0.169	0.2078	0.0945	-1.1758	0.0693	0.0141	-0.3765	0.5686	0.0997	0.2082	0.0044	0.0212	0.1281	-0.0002	-0.0457	17.994	60.11	60.354
18	1.0485	0.9464	0.7499	2.5919	1.1209	2.9775	-0.1259	0.0907	0.0473	-0.3401	0.0126	0.2152	-0.0733	0.0894	0.1133	0.109	0.0405	-0.0115	0.0914	0.0055	0.0558	11.47	55.27	65.908
19	1.3511	1.3289	-0.0136	2.674	-1.0864	2.4291	0.2628	-0.1251	0.0709	0.305	-0.1216	0.003	-0.058	0.0055	-0.1412	0.0931	0.0121	-0.0354	0.0651	-0.007	0.1198	7.226	55.744	84.164
20	0.6259	1.4567	-0.6941	3.4744	-1.1346	3.5312	-0.0751	0.034	0.3179	-0.2011	0.2449	0.8686	0.0484	-0.4693	-0.1698	0.1103	0.1049	-0.0993	0.1376	0.0414	0.2886	-4.248	58.239	76.66
21	2.1143	0.5164	-0.5723	7.1332	-1.4563	0.4023	-0.1201	-0.0423	0.0175	-0.1179	0.0139	-0.0642	-0.0273	0.0623	0.1062	0.1403	0.0529	-0.0381	0.0825	0.0068	0.1199	8.871	59.61	75.977
22	1.7286	0.3624	0.176	2.1938	0.4297	3.5471	0.0491	0.2525	-0.085	-0.1689	-0.0332	-0.0845	0.1939	0.3933	-0.0159	0.0493	0.0971	-0.0121	0.2458	-0.0817	0.0281	-3.191	50.602	-6.428
23	2.943	-0.1997	2.1376	1.0901	-0.4632	5.8937	0.0372	0.3608	0.2031	-0.1068	-0.0196	-0.0051	-0.4027	0.3724	-0.0176	0.0597	-0.014	-0.0027	0.1247	0.0243	-0.0135	-3.397	63.96	-5.419
24	2.0794	0.7843	-0.7774	1.0132	0.4596	4.3536	0.0221	0.1673	0.303	-0.0569	0.077	-0.0102	-0.7492	-0.2695	-0.0992	0.08	0.0423	-0.0399	0.0839	-0.0103	0.0187	-13.684	66.304	6.633
25	3.4223	-0.2903	-0.1872	0.9471	-0.3896	3.3732	-0.0635	0.0419	0.1173	-0.1049	0.0367	0.137	-0.4131	-0.1743	0.0267	0.0897	0.0443	-0.0416	0.0919	-0.0052	0.0155	-16.126	65.073	3.76
26	2.0962	-0.3701	0.2366	3.8272	-1.12	3.8087	0.2237	0.278	0.058	-0.1742	-0.1926	-0.2053	0.0871	0.4203	-0.0311	0.0247	0.0171	0.0428	0.2678	0.029	0.0215	43.396	104.89	25.818
27	1.523	0.2125	0.1729	1.5266	0.2939	3.0491	0.1049	0.2549	0.1686	-0.0134	-0.0655	-0.0762	-0.3384	-0.0399	-0.0394	0.0734	-0.0021	0.0437	0.1639	0.0727	0.0714	35.599	112.596	28.433
28	1.5932	-0.2947	-0.0616	1.9026	-0.5907	3.2683	0.1563	-0.0093	0.1553	0.1391	-0.0505	-0.0173	-0.2429	-0.2962	-0.1058	0.0573	-0.0408	0.0124	0.1235	0.0172	0.0437	27.407	108.08	42.725
29	2.7074	0.3399	0.3289	1.4355	0.0363	1.8589	0.1878	0.0097	0.2031	0.0595	-0.099	0.1041	-0.1492	-0.2381	-0.0888	0.0845	0.006	0.0124	0.1019	0.038	0.0445	24.807	108.296	38.342
30	0.4974	-0.3217	-1.1682	4.476	-1.814	5.0721	-0.0109	-0.0691	0.0602	0.3851	0.0672	-0.3157	-0.0088	0.4643	-0.0562	0.0463	0.0434	-0.0703	0.0993	-0.0534	0.1116	6.569	87.715	75.826
31	0.5831	-0.3696	0.0518	2.5019	0.7544	3.0187	0.0071	-0.028	0.1047	0.0493	0.0432	-0.1429	0.0537	0.1401	-0.0503	0.068	0.019	-0.0013	0.0546	-0.0249	0.1105	0.269	89.6	70.929
32	6.0699	-0.323	1.2589	4.1626	0.1931	1.8038	0.2226	0.6342	0.0836	-1.1895	-0.2629	0.5217	-0.4669	0.0473	0.0403	0.3302	0.1251	-0.1003	0.0801	-0.0412	0.0794	-7.8	93.254	53.361
33	0.0866	-0.4539	0.1953	5.4068	1.1983	2.0727	0.1006	0.0544	-0.1019	-0.3961	-0.1937	0.9016	0.2342	-0.3584	0.0931	0.0717	0.0347	-0.0878	0.0922	-0.0527	0.2191	-13.879	83.115	59.823
34	3.959	-0.3814	-0.084	5.9638	0.025	1.9106	0.1946	0.2121	0.0937	-0.163	-0.1796	0.5101	-0.0567	-0.2343	-0.015	0.0874	0.0428	-0.0147	0.0856	-0.0201	0.1057	-9.802	87.914	63.249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 61	6 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	62 - 124	64 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	125 - 217	127 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2 - 64	4 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	65 - 102	67 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	103 - 124	105 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	125 - 169	127 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	170 - 215	172 - 217
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	4 - 44	6 - 46
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	45 - 91	47 - 93
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	92 - 148	94 - 150
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	149 - 191	151 - 193
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	C	192 - 216	194 - 218
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	4 - 48	6 - 50
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	49 - 124	51 - 126
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	125 - 216	127 - 218
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	E	3 - 37	5 - 39
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	E	38 - 106	40 - 108
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	E	107 - 162	109 - 164
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	E	163 - 199	165 - 201
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	E	200 - 216	202 - 218
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	F	2 - 76	4 - 78
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	F	77 - 123	79 - 125
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	F	124 - 175	126 - 177
25	X-RAY DIFFRACTION	25	F	F	176 - 216	178 - 218
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	G	4 - 62	6 - 64
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	G	63 - 123	65 - 125
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	G	124 - 171	126 - 173
29	X-RAY DIFFRACTION	29	G	G	172 - 217	174 - 219
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	H	4 - 44	6 - 46
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	H	45 - 117	47 - 119
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	H	118 - 141	120 - 143
33	X-RAY DIFFRACTION	33	H	H	142 - 186	144 - 188
34	X-RAY DIFFRACTION	34	H	H	187 - 217	189 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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