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- PDB-2ie7: Annexin V under 2.0 MPa pressure of nitrous oxide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ie7
タイトルAnnexin V under 2.0 MPa pressure of nitrous oxide
要素Annexin A5
キーワードPROTEIN AND METAL BINDING PROTEIN / calcium binding protein / phospholipid binding protein / membrane binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of prolactin secretion / cellular response to gonadotropin-releasing hormone / Platelet degranulation / cellular response to lead ion / regulation of flagellated sperm motility / endothelial microparticle / response to thyroid hormone / P-type calcium transporter activity / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane ...negative regulation of prolactin secretion / cellular response to gonadotropin-releasing hormone / Platelet degranulation / cellular response to lead ion / regulation of flagellated sperm motility / endothelial microparticle / response to thyroid hormone / P-type calcium transporter activity / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / peptide hormone binding / intercalated disc / negative regulation of blood coagulation / axon terminus / cell projection / response to calcium ion / sarcolemma / receptor tyrosine kinase binding / Z disc / blood coagulation / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITROUS OXIDE / Annexin A5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Colloc'h, N. / Sopkova-de Oliveira Santos, J. / Prange, T. / Brisson, A. / Langlois d'Estainto, B. / Gallois, B.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007
タイトル: Protein Crystallography under Xenon and Nitrous Oxide Pressure: Comparison with In Vivo Pharmacology Studies and Implications for the Mechanism of Inhaled Anesthetic Action
著者: Colloc'h, N. / Sopkova-de Oliveira Santos, J. / Retailleau, P. / Langlois d'Estainto, B. / Gallois, B. / Brisson, A. / Risso, J.J. / Lemaire, M. / Abraini, J.H.
履歴
登録2006年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,41014
ポリマ－35,6571
非ポリマー75313
水2,702150
1
A: Annexin A5
ヘテロ分子

A: Annexin A5
ヘテロ分子

A: Annexin A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,23042
ポリマ－106,9723
非ポリマー2,25839
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.028, 157.028, 37.327
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細the biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymetric unit by symmetry

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要素

#1: タンパク質 Annexin A5 / Annexin V / Lipocortin V / Endonexin II / Calphobindin I / CBP-I / Placental anticoagulant protein ...Annexin V / Lipocortin V / Endonexin II / Calphobindin I / CBP-I / Placental anticoagulant protein I / PAP-I / PP4 / Thromboplastin inhibitor / Vascular anticoagulant-alpha / VAC-alpha / Anchorin CII


分子量: 35657.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P14668
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-N2O / NITROUS OXIDE / NITROGEN OXIDE / 1,2-ジアザエチン1-オキシド


分子量: 44.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: annexin V 10mg/ml, Tris HCL 20mM, PH 8, NACL 235MM, (NH4)SO4 1.76M, CACL2 12MM, HEPES 100MM, NAN3 3MM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→99 Å / Num. obs: 34281 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 24.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 2.251 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.178 / Num. unique all: 2953 / Χ2: 0.986 / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1A8A

1a8a


解像度: 1.75→14.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.057 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1728 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.175 34235 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.753 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→14.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2524 0 33 150 2707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9883463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.985317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4424.472123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7915491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2081520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21830
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1450.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0071.51603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72622522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99531066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7534.5941
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 126 -
Rwork0.199 2405 -
obs-2531 99.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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