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- PDB-2id0: Escherichia coli RNase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2id0
タイトルEscherichia coli RNase II
要素Exoribonuclease 2
キーワードHYDROLASE / RNase / exoribonuclease / ribonuclease / exonuclease / nuclease / hydrolyase / mRNA decay / RNR family
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease II activity / exoribonuclease II / tRNA decay / mRNA catabolic process / 3'-5' exonuclease activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #640 / Ribonuclease II / Ribonuclease B, N-terminal OB domain / Ribonuclease B OB domain / Cold shock domain / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #640 / Ribonuclease II / Ribonuclease B, N-terminal OB domain / Ribonuclease B OB domain / Cold shock domain / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Cold shock domain / Cold shock protein domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Exoribonuclease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zuo, Y. / Zhang, J. / Wang, Y. / Malhotra, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Processivity and Single-Strand Specificity of RNase II.
著者: Zuo, Y. / Vincent, H.A. / Zhang, J. / Wang, Y. / Deutscher, M.P. / Malhotra, A.
履歴
登録2006年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoribonuclease 2
B: Exoribonuclease 2
C: Exoribonuclease 2
D: Exoribonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,3888
ポリマ－293,1694
非ポリマー2204
水5,170287
1
A: Exoribonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3472
ポリマ－73,2921
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exoribonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3472
ポリマ－73,2921
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Exoribonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3472
ポリマ－73,2921
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Exoribonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3472
ポリマ－73,2921
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.760, 118.430, 122.380
Angle α, β, γ (deg.)107.800, 98.360, 91.400
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Exoribonuclease 2 / Exoribonuclease II / Ribonuclease II / RNase II


分子量: 73292.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rnb / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30850, exoribonuclease II
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25.5% PEG 2000 MME, 0.36 M MgCl2, 0.5 mM MnCl2, 5 mM DTT, 2 mM 3',5'-ADP, 0.1 M Tris-Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→17.95 Å / Num. obs: 117653 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 8815 / % possible all: 69.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→17.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 20.628 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.586 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 5045 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.227 100806 82.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.291 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.16 Å2-0.24 Å2
2---0.3 Å2-0.59 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→17.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19529 0 4 287 19820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02219935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.95727089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40552536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22223.224887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.61153220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.06715173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.23084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.28681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.213396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0211.512993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.565220284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41537786
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6834.56805
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 181 -
Rwork0.283 4151 -
obs-4332 48.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6703-0.2676-0.78861.7549-0.15880.5331-0.0184-0.65140.24190.7780.13460.00420.0340.2905-0.11620.14490.0932-0.0240.08-0.0566-0.115914.14756.791272.0626
21.54220.02410.13150.9031-0.1350.5286-0.01720.4559-0.2096-0.47730.0150.1170.10630.05680.0022-0.04350.0041-0.0145-0.0766-0.0198-0.171414.084928.480614.2179
31.3038-0.08-0.11850.50720.03880.92640.0592-0.30290.10390.2604-0.0070.0499-0.08740.0686-0.0522-0.14190.01120.0098-0.14110.007-0.212843.3549-0.044573.7113
41.4980.35660.38751.77480.22820.5296-0.040.5294-0.0844-0.88070.12630.0909-0.18620.1217-0.08630.1408-0.0181-0.0092-0.0254-0.0095-0.143337.228989.188816.4794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 644
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 644
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 644
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 644

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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