PDB-2ict: Crystal structure of the bacterial antitoxin HigA from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ict

タイトル

Crystal structure of the bacterial antitoxin HigA from Escherichia coli at pH 8.5. Northeast Structural Genomics TARGET ER390.

要素

antitoxin higa

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / helix-turn-helix / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Abashidze, M. / Hurley, J.M. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Phd-Doc, HigA, and YeeU Establish Multiple Evolutionary Links between Microbial Growth-Regulating Toxin-Antitoxin Systems.
著者: Arbing, M.A. / Handelman, S.K. / Kuzin, A.P. / Verdon, G. / Wang, C. / Su, M. / Rothenbacher, F.P. / Abashidze, M. / Liu, M. / Hurley, J.M. / Xiao, R. / Acton, T. / Inouye, M. / Montelione, G. ...

履歴

登録	2006年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ict.cif.gz	33.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ict.ent.gz	21.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ict.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ict ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ict	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h28C 2inwC 3kh2C 2icp C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2l6m-d 3e9g-2 5jw9-d 1v6g-d 1r13-d 2m1u-d 1ea8-d 4nhr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ER390

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: antitoxin higa

10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: antitoxin higa

ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.535, 26.364, 39.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	antitoxin higa / Putative HTH-type transcriptional regulator yddM 分子量: 10647.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: higa / プラスミド: pET28-HigA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC / 参照: UniProt: P67699, UniProt: P67700*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: under oil. / pH: 8.5 詳細: 5 mM MgSO4, 50 mM Tris pH 8.5, 35% 1,6-Hexanediol, Under oil., temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97941 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97941 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.7 % / Av σ(I) over netI: 6.9 / 数: 67242 / R_merge(I) obs: 0.237 / Χ²: 1.44 / D res high: 1.63 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 11696 / % possible obs: 98.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.42	30	100	1	0.172	1.816	6.2
3.51	4.42	99.8	1	0.139	1.383	6.5
3.07	3.51	100	1	0.157	1.622	6.5
2.79	3.07	99.2	1	0.19	1.55	6.5
2.59	2.79	99.3	1	0.239	1.928	6.5
2.43	2.59	99.2	1	0.265	1.739	6.5
2.31	2.43	99.3	1	0.288	1.616	6.4
2.21	2.31	99.7	1	0.349	1.639	6.3
2.13	2.21	98.5	1	0.383	1.543	6.3
2.05	2.13	98.4	1	0.428	1.331	6.1
1.99	2.05	99.7	1	0.5	1.459	6
1.93	1.99	97.3	1	0.574	1.376	5.9
1.88	1.93	99.8	1	0.673	1.201	5.6
1.84	1.88	97.3	1	0.713	1.156	5.6
1.79	1.84	99	1	0.825	1.167	5.3
1.76	1.79	95.5	1	0.802	1.109	5
1.72	1.76	98.7	1		1.061	4.8
1.69	1.72	95.5	1		1.13	4.6
1.66	1.69	97.1	1		1.156	4.2
1.63	1.66	95.4	1		0.988	3.8

反射

解像度: 1.63→30 Å / Num. obs: 11696 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.237 / Χ²: 1.442 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.63-1.66	3.8	544	0.988	1	95.4
1.66-1.69	4.2	578	1.156	1	97.1
1.69-1.72	4.6	546	1.13	1	95.5
1.72-1.76	4.8	590	1.061	1	98.7
1.76-1.79	5	547	1.109	1	95.5	0.802
1.79-1.84	5.3	580	1.167	1	99	0.825
1.84-1.88	5.6	610	1.156	1	97.3	0.713
1.88-1.93	5.6	550	1.201	1	99.8	0.673
1.93-1.99	5.9	582	1.376	1	97.3	0.574
1.99-2.05	6	602	1.459	1	99.7	0.5
2.05-2.13	6.1	570	1.331	1	98.4	0.428
2.13-2.21	6.3	589	1.543	1	98.5	0.383
2.21-2.31	6.3	580	1.639	1	99.7	0.349
2.31-2.43	6.4	597	1.616	1	99.3	0.288
2.43-2.59	6.5	588	1.739	1	99.2	0.265
2.59-2.79	6.5	596	1.928	1	99.3	0.239
2.79-3.07	6.5	591	1.55	1	99.2	0.19
3.07-3.51	6.5	594	1.622	1	100	0.157
3.51-4.42	6.5	630	1.383	1	99.8	0.139
4.42-30	6.2	632	1.816	1	100	0.172

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 48.7 / Cor.coef. F_o:F_c: 38.62

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	15 Å
Translation	4 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
COMO	1.2	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→30 Å / FOM work R set: 0.904 / σ(F): 1360

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	506	4.2 %
R_work	0.198	-	-
obs	-	9805	82.3 %

溶媒の処理

B_sol: 36.819 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.007 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.321 Å²	0 Å²	-2.39 Å²
2-	-	-3.601 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	727	0	0	96	823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.013

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
1.63-1.69	0.34	23	0.247	580	603
1.69-1.76	0.199	39	0.247	676	715
1.76-1.84	0.222	32	0.22	774	806
1.84-1.93	0.203	48	0.201	873	921
1.93-2.05	0.218	49	0.202	978	1027
2.05-2.21	0.196	31	0.19	1045	1076
2.21-2.43	0.238	73	0.193	1025	1098
2.43-2.79	0.182	64	0.189	1077	1141
2.79-3.51	0.193	64	0.193	1100	1164
3.51-40	0.188	83	0.194	1171	1254

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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