[日本語] English
万見
- PDB-2icp: Crystal structure of the bacterial antitoxin HigA from Escherichi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2icp
タイトルCrystal structure of the bacterial antitoxin HigA from Escherichia coli at pH 4.0. Northeast Structural Genomics Consortium TARGET ER390.
要素antitoxin higa
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / ヘリックスターンヘリックス / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YddM / Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YddM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Abashidze, M. / Hurley, J.M. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Arbing, M.A. / Abashidze, M. / Hurley, J.M. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Inouye, M. / Woychik, N.A. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the bacterial antitoxin HigA from Escherichia coli.
著者: Arbing, M.A. / Abashidze, M. / Hurley, J.M. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Inouye, M. / Woychik, N.A. / ...著者: Arbing, M.A. / Abashidze, M. / Hurley, J.M. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Inouye, M. / Woychik, N.A. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2006年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: antitoxin higa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6722
ポリマ－10,6481
非ポリマー241
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: antitoxin higa
ヘテロ分子

A: antitoxin higa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3444
ポリマ－21,2952
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.127, 23.526, 41.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 antitoxin higa / Putative HTH-type transcriptional regulator yddM


分子量: 10647.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: higa / プラスミド: pET28-HigA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC / 参照: UniProt: P67699, UniProt: P67700*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 200 mM MgCl2, 20% PEG 20K, 100 mM Na3Citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月17日 / 詳細: Osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2.5 % / Av σ(I) over netI: 18.4 / 数: 29182 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.88 Å / D res low: 60 Å / Num. obs: 11592 / % possible obs: 90.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.1609710.030.9972.8
4.055.198.410.0320.9032.8
3.544.0597.410.0370.9872.7
3.213.5497.310.0380.9952.7
2.983.2199.510.0481.0612.8
2.812.9895.510.0581.1182.7
2.672.8198.510.0521.0062.7
2.552.679410.0641.0562.7
2.452.5596.410.0690.9892.6
2.372.4597.710.081.1052.6
2.292.3790.910.0831.1532.6
2.232.2993.110.0891.1242.6
2.172.2394.910.0891.0482.5
2.122.179310.1031.1572.5
2.072.1288.710.1241.1012.4
2.032.078910.1371.0462.3
1.982.0387.710.151.0012.2
1.951.9883.810.1650.9862
1.911.9569.110.1891.0841.8
1.881.9155.110.1741.071.5
反射解像度: 1.88→60 Å / Num. obs: 11592 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.88-1.911.50.1743411.07155.1
1.91-1.951.80.1894581.084169.1
1.95-1.9820.1655290.986183.8
1.98-2.032.20.155351.001187.7
2.03-2.072.30.1376051.046189
2.07-2.122.40.1245551.101188.7
2.12-2.172.50.1036111.157193
2.17-2.232.50.0895711.048194.9
2.23-2.292.60.0896081.124193.1
2.29-2.372.60.0835861.153190.9
2.37-2.452.60.085861.105197.7
2.45-2.552.60.0696430.989196.4
2.55-2.672.70.0646101.056194
2.67-2.812.70.0525991.006198.5
2.81-2.982.70.0586391.118195.5
2.98-3.212.80.0486321.061199.5
3.21-3.542.70.0386050.995197.3
3.54-4.052.70.0376260.987197.4
4.05-5.12.80.0326300.903198.4
5.1-602.80.036230.997197

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 42.7 / Cor.coef. Fo:Fc: 39.07
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å15 Å
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
COMO1.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→40 Å / σ(F): 812
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1036 8.1 %
Rwork0.184 --
obs-10485 82 %
溶媒の処理Bsol: 71.638 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.711 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.064 Å20 Å2-2.349 Å2
2--2.313 Å20 Å2
3----1.249 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数672 0 1 74 747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.8752
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.2222.5
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.91 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.351 21
Rwork0.267 -
obs-209
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る