PDB-2ic6: The Coiled-coil Domain (residues 1-75) Structure of the Sin Nombr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ic6

タイトル

The Coiled-coil Domain (residues 1-75) Structure of the Sin Nombre Virus Nucleocapsid Protein

要素

Nucleocapsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Sin Nombre Virus / Hantavirus / Bunyaviridae / ssRNA negative-strand viruses / nucleocapsid protein / antiparallel coiled coil

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation / viral nucleocapsid / endonuclease activity / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sin Nombre virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Boudko, S.P. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Coiled-coil Domain Structure of the Sin Nombre Virus Nucleocapsid Protein.
著者: Boudko, S.P. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.

履歴

登録	2006年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ic6.cif.gz	80.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ic6.ent.gz	61.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ic6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ic6_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ic6_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	2ic6_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	2ic6_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ic6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ic6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iblC 2ic9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kd8-2 2meu-d 1r48-d 1lmj-d 4c1a-1 6inr-2 1hwq-d 1kd9-2 1kd8-3 390d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

17.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Nucleocapsid protein

登録者が定義した集合体
8.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleocapsid protein

登録者が定義した集合体
8.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.116, 49.521, 100.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nucleocapsid protein 分子量: 8708.889 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues: 1-75 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sin Nombre virus (ウイルス) / 属: Hantavirus / 株: Convict Creek 107 virus / 遺伝子: nucleocapsid protein / プラスミド: pET23d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81930, UniProt: Q89462*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Nucleocapsid protein

分子量: 8708.889 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues: 1-75 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sin Nombre virus (ウイルス) / 属: Hantavirus / 株: Convict Creek 107 virus / 遺伝子: nucleocapsid protein / プラスミド: pET23d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81930, UniProt: Q89462*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 30% polyethylene glycol (PEG) 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	14-BM-C	1	0.9002
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2	0.97964, 0.97948, 0.95373

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2005年10月30日	Bent conical Si-mirror (Rh coating)
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2005年12月15日	Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Bent cylindrical Ge(111) monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111) double drystal monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9002	1
2	0.97964	1
3	0.97948	1
4	0.95373	1

Reflection

D res high: 1.33 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
7.4	1	16.8	213605	0.076	1.08	28889	85.8
7.2	2	15.9	209743	0.071	1.01	28933	85.8
7.4	3	15.7	221474	0.072	1.05	29999	88.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.87	50	82.5	1	0.063	1.148	8.4
2.27	2.87	91.1	1	0.076	1.059	8.4
1.99	2.27	94	1	0.084	1.074	8.2
1.81	1.99	95.5	1	0.102	1.086	8.1
1.68	1.81	96.4	1	0.106	1.024	8.2
1.58	1.68	97.1	1	0.116	1.091	7.7
1.5	1.58	97.5	1	0.129	1.066	7.8
1.43	1.5	84.2	1	0.159	1.054	5.8
1.38	1.43	66.5	1	0.176	1.077	5.1
1.33	1.38	52.2	1	0.204	1.058	3.7
2.87	50	83.6	2	0.058	1.022	8.5
2.27	2.87	91.1	2	0.072	1.099	8.4
1.99	2.27	94	2	0.08	1.001	8.2
1.81	1.99	95.4	2	0.099	0.999	8.1
1.68	1.81	96.5	2	0.108	0.989	8.1
1.58	1.68	97.1	2	0.123	0.974	7.6
1.5	1.58	97.5	2	0.137	0.988	7.5
1.43	1.5	84.2	2	0.174	0.966	5.5
1.38	1.43	66	2	0.191	0.965	4.6
1.33	1.38	51.5	2	0.223	0.999	3
2.87	50	83	3	0.058	1.071	8.5
2.27	2.87	90.7	3	0.073	1.151	8.5
1.99	2.27	93.4	3	0.077	1.01	8.3
1.81	1.99	95	3	0.102	1.071	8.1
1.68	1.81	96.2	3	0.11	1.059	8.2
1.58	1.68	96.9	3	0.123	1.002	7.6
1.5	1.58	97.3	3	0.134	0.978	7.7
1.43	1.5	95.6	3	0.17	1.025	6.5
1.38	1.43	77.1	3	0.2	1.03	5.2
1.33	1.38	62.2	3	0.236	1.031	3.6

反射

解像度: 1.15→10 Å / Num. all: 50803 / Num. obs: 50773 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 9 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 27.4

反射シェル

解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 2516 / R_sym value: 0.238 / Χ²: 1.039 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9795	4.33	-10.03
1	3 wavelength	2	0.9796	2.48	-8.45
1	3 wavelength	3	0.9537	2.84	-3.38

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / B iso: 12.405 / Fract x: 0.171 / Fract y: 0.09 / Fract z: 0.058 / Occupancy: 0.692

Phasing dm

FOM : 0.78 / FOM acentric: 0.78 / FOM centric: 0.76 / 反射: 29724 / Reflection acentric: 26983 / Reflection centric: 2741

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
3.8-19.763	0.96	0.97	0.95	1274	982	292
2.4-3.8	0.95	0.95	0.91	4063	3530	533
1.9-2.4	0.9	0.9	0.85	5298	4738	560
1.7-1.9	0.82	0.83	0.7	5403	4900	503
1.4-1.7	0.71	0.72	0.58	9533	8803	730
1.3-1.4	0.51	0.51	0.52	4153	4030	123

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.15→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 0.982 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.177	2572	5.1 %	RANDOM
R_work	0.154	-	-	-
all	0.156	50694	-	-
obs	0.156	50689	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1184	0	0	245	1429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.884	1.997	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.221	3	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.096	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.279	25.263	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.409	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.452	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.222	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.254	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.292	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.658	1.5	964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.973	1.5	292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.892	2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.655	3	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.378	4.5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.347	3	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	11.281	3	245
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.689	3	2007

LS精密化シェル

解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	159	-
R_work	0.152	3496	-
obs	-	3655	99.48 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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