[日本語] English
万見
- PDB-2ic5: Crystal structure of human RAC3 grown in the presence of Gpp(NH)p. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ic5
タイトルCrystal structure of human RAC3 grown in the presence of Gpp(NH)p.
要素Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase RAC3 / small GTP binding protein / p21 rac / ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / signalling protein / GppNHp / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebral cortex GABAergic interneuron development / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of neuron maturation / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway ...cerebral cortex GABAergic interneuron development / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of neuron maturation / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / synaptic transmission, GABAergic / establishment or maintenance of cell polarity / Rac protein signal transduction / filamentous actin / neuromuscular process controlling balance / regulation of postsynapse assembly / RAC3 GTPase cycle / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / endomembrane system / actin filament organization / small monomeric GTPase / cell periphery / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / Wnt signaling pathway / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / regulation of cell shape / G protein activity / actin cytoskeleton organization / growth cone / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / postsynapse / neuron projection / intracellular signal transduction / neuronal cell body / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. ...Ugochukwu, E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Doyle, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human RAC3 grown in the presence of Gpp(NH)p.
著者: Yang, X. / Ugochukwu, E. / Elkins, J. / Doyle, D.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2789
ポリマ－39,9842
非ポリマー1,2947
水5,008278
1
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7835
ポリマ－19,9921
非ポリマー7914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4954
ポリマ－19,9921
非ポリマー5033
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.755, 81.583, 84.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPHEPHEAA1 - 282 - 29
21METMETPHEPHEBB1 - 282 - 29
32ASNASNGLYGLYAA39 - 17840 - 179
42ASNASNGLYGLYBB39 - 17840 - 179

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / p21-Rac3


分子量: 19991.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3)R3 / 参照: UniProt: P60763

-
非ポリマー , 6種, 285分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 20% MPEG 5K , pH 6.5, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.31 Å / Num. all: 29632 / Num. obs: 29632 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 %
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G0N

2g0n


解像度: 1.9→45.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.586 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20026 1501 5.1 %RANDOM
Rwork0.15264 ---
obs0.15505 28080 98.82 %-
all-28080 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 78 278 3081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222889
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4692.0073957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93534671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.35360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30423.652115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.58615452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2731518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.22040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0460.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.68831925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3623714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.59252903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.75771236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.427111050
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
979medium positional0.210.5
1132loose positional0.615
979medium thermal1.042
1132loose thermal2.2810
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 107 -
Rwork0.209 1826 -
obs--89.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0219-0.0170.16450.9705-0.01231.3765-0.02550.0950.0146-0.04970.0350.0330.07150.0909-0.0095-0.0989-0.0010.0085-0.1127-0.0046-0.06-16.101915.1225-7.469
21.17650.161-0.02361.27920.17582.07030.0079-0.1082-0.02750.1202-0.00640.03590.26550.2537-0.0014-0.05250.04670.0008-0.1080.0007-0.0893-10.4442-13.8672-12.6727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 1781 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1782 - 179

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る