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- PDB-2ic2: Crystal Structure of the First FNIII Domain of Ihog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ic2
タイトルCrystal Structure of the First FNIII Domain of Ihog
要素CG9211-PA
キーワードPROTEIN BINDING / ihog / hedgehog / fibronectin type III
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of protein location in extracellular region / Myogenesis / cuticle pattern formation / Ligand-receptor interactions / cytoneme / Assembly of the 'signalling complexes' / wing disc pattern formation / wing disc anterior/posterior pattern formation / compound eye development / hedgehog family protein binding ...maintenance of protein location in extracellular region / Myogenesis / cuticle pattern formation / Ligand-receptor interactions / cytoneme / Assembly of the 'signalling complexes' / wing disc pattern formation / wing disc anterior/posterior pattern formation / compound eye development / hedgehog family protein binding / homotypic cell-cell adhesion / segment specification / patched binding / smoothened signaling pathway / coreceptor activity / axon guidance / cell-cell adhesion / heparin binding / axon / cell surface / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interference hedgehog / Interference hedgehog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of a heparin-dependent complex of Hedgehog and Ihog.
著者: McLellan, J.S. / Yao, S. / Zheng, X. / Geisbrecht, B.V. / Ghirlando, R. / Beachy, P.A. / Leahy, D.J.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG9211-PA
B: CG9211-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3229
ポリマ－26,6492
非ポリマー6727
水3,747208
1
A: CG9211-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7095
ポリマ－13,3251
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CG9211-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6134
ポリマ－13,3251
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.511, 39.480, 127.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer, and the asymmetric unit contains two copies.

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要素

#1: タンパク質 CG9211-PA / GH03927p


分子量: 13324.610 Da / 分子数: 2 / 断片: First FNIII Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: iHog, CG9211 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q2XY56, UniProt: Q9VM64*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.2
詳細: 0.05M Citrate pH 3.2, 26% PEG 3350, 0.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9792, 0.9794, 0.9724
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.97241
Reflection

D res high: 1.5 Å / D res low: 30 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
9.7115.12991830.0671.053077093.3
9.9215.13053590.0731.213081093.6
9.9315.33066610.0711.173091893.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.23308310.0551.14210.1
2.563.2389.710.061.10510.3
2.242.5691.810.0671.12110.1
2.042.2493.310.0691.03310
1.892.0494.710.0761.1289.9
1.781.8994.810.0861.1579.8
1.691.7895.910.10219.7
1.621.6996.610.1130.9559.7
1.551.6297.210.1360.9639.4
1.51.5597.410.1440.9258.2
3.233083.420.0611.36810.3
2.563.2390.120.0651.31310.5
2.242.5692.320.0741.33210.3
2.042.2493.520.0751.22310.3
1.892.049520.0831.31510.1
1.781.8995.120.0931.31910
1.691.7896.120.111.13710
1.621.699720.1251.0489.9
1.551.6297.320.1461.0139.6
1.51.5597.620.1550.9758.2
3.233083.630.0591.28310.4
2.563.2390.230.0631.25510.5
2.242.5692.330.0721.27810.3
2.042.2493.630.0741.19510.3
1.892.049530.0821.29410.1
1.781.8995.130.0911.28410
1.691.7896.230.1081.10610
1.621.699730.121.00310
1.551.6297.430.1420.9919.5
1.51.5597.630.1490.9498.2
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 45209 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.353.70.22832900.82367.2
1.35-1.44.60.20740000.87880.6
1.4-1.4660.18547630.95695.6
1.46-1.547.70.15348080.99597.7
1.54-1.649.30.13248591.03797.3
1.64-1.769.70.10747811.06596.3
1.76-1.949.80.08647660.9995.1
1.94-2.22100.07247231.00593.6
2.22-2.810.20.06846690.97691.4
2.8-3010.30.06945500.97285.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 1.6 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.58 / 反射: 25235
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97944.15-7.66
13 wavelength20.97924.64-6.38
13 wavelength30.97243.25-3.89
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
112.10625.24119.306SE9.90.58
212.42420.85213.138SE19.60.68
333.7533.0150.298SE5.80.33
433.0964.96730.832SE8.80.37
517.5343.34626.136SE30.40.82
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
5.78-300.661092
3.64-5.780.621973
2.84-3.640.642600
2.41-2.840.633100
2.13-2.410.583565
1.93-2.130.583937
1.77-1.930.564309
1.65-1.770.524659
Phasing dmFOM : 0.7 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.65 / 反射: 25236 / Reflection acentric: 22670 / Reflection centric: 2566
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.6-28.9390.890.910.851033785248
2.9-4.60.870.880.8332432785458
2.3-2.90.780.790.741963733463
2-2.30.720.720.6542673870397
1.7-20.640.640.5476927054638
1.6-1.70.550.560.4548054443362

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.03位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→28.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2222 4.4 %random
Rwork0.215 ---
obs-44255 88.3 %-
溶媒の処理Bsol: 44.704 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 11.884 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.703 Å20 Å20 Å2
2---0.072 Å20 Å2
3---1.775 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1801 0 35 208 2044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.495
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.8032
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4842.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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