PDB-2iay: Crystal structure of a duf1831 family protein (lp2179) from lacto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iay

タイトル

Crystal structure of a duf1831 family protein (lp2179) from lactobacillus plantarum at 1.20 A resolution

要素

Hypothetical protein

キーワード

TRANSLATION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Lp2179-like fold / Lp2179-like / Putative amino acid metabolism / Lp2179-like superfamily / Putative amino acid metabolism / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Cysteine desulfurase associated protein,DUF1831 family / :

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of LP2179, the first representative of Pfam family PF08866, suggests a new fold with a role in amino-acid metabolism.
著者: Bakolitsa, C. / Kumar, A. / Carlton, D. / Miller, M.D. / Krishna, S.S. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elsliger, M.A. / ...

履歴

登録	2006年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iay.cif.gz	67.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iay.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iay.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iay_validation.pdf.gz	418.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iay_full_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示
XML形式データ	2iay_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	2iay_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iay	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pma-1 1z6d-1 3hog-d 5lmj-1 3ngr-d 5ir0-2 1u1b-1 2loe-d 5wbh-4 1u1b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 368074

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.289, 47.896, 58.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 12871.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: NP_785678.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88V95, UniProt: F9UQB2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	1.96	37.17	THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD METHOD USING A DIFFERENT CRYSTAL AND REFINED AGAINST A HIGHER RESOLUTION DATASET FROM CURRENT CRYSTAL.
2			THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD METHOD USING A DIFFERENT CRYSTAL AND REFINED AGAINST A HIGHER RESOLUTION DATASET FROM CURRENT CRYSTAL.

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	10.5	0.2M NaCl, 20.0% PEG-8000, 0.1M CAPS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K, pH 10.5
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	9	20.0% PEG-6000, 0.1M Bicine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K, pH 9.0

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.2	1	0.9798
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2	0.94926,0.97939,0.97925

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年8月31日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2006年8月11日	Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9798	1
2	0.94926	1
3	0.97939	1
4	0.97925	1

反射

解像度: 1.198→28.928 Å / Num. obs: 29115 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

Diffraction-ID: 2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.2-1.23	1.4	0.204	3.7	1663	1165	0.204	50.7
1.23-1.26	2.5	0.252	2.9	3706	1467	0.252	66
1.26-1.3	3.1	0.215	3.4	5204	1681	0.215	76.3
1.3-1.34	3.8	0.202	3.6	6899	1823	0.202	84.3
1.34-1.39	4.6	0.194	3.7	8891	1918	0.194	92
1.39-1.43	5.8	0.179	3.9	11761	2030	0.179	99.4
1.43-1.49	6.8	0.158	4.5	13363	1963	0.158	99.8
1.49-1.55	6.9	0.135	5.1	13028	1894	0.135	100
1.55-1.62	6.9	0.117	5.8	12539	1816	0.117	99.9
1.62-1.7	6.9	0.111	6.1	12091	1751	0.111	100
1.7-1.79	6.9	0.1	6.5	11497	1674	0.1	100
1.79-1.9	6.8	0.088	7.6	10879	1594	0.088	100
1.9-2.03	6.8	0.076	8.2	10112	1478	0.076	100
2.03-2.19	7.2	0.068	9.4	10076	1390	0.068	99.9
2.19-2.4	7.8	0.073	8.5	10119	1297	0.073	99.9
2.4-2.68	9	0.074	8.2	10446	1164	0.074	99.7
2.68-3.1	9.8	0.07	8.7	10243	1042	0.07	99.3
3.1-3.79	9.4	0.056	10.7	8285	885	0.056	99.1
3.79-5.37	10.2	0.049	12	7056	691	0.049	97.9
5.37-28.92	9.1	0.055	11.4	3578	392	0.055	95.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.2→28.928 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.147	1488	5.1 %	RANDOM
R_work	0.12	-	-	-
obs	0.121	29080	90.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	885	0	6	195	1086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.971	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.997	3	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.894	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.103	23.902	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.632	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.509	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.293	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.129	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.727	3	644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.519	3	243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.211	5	993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.84	8	405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.678	11	335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.275	3	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	8.569	3	200
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.255	3	1605

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.232 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	61	-
R_work	0.177	1093	-
obs	-	1154	49.13 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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