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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iaa
タイトルCrystal Structure of an Electron Transfer Complex Between Aromatic Amine Dephydrogenase and Azurin from Alcaligenes Faecalis (Form 2)
要素
  • (Aromatic Amine Dehydrogenase) x 2
  • Azurin
キーワードOXIDOREDUCTASE/electron transport / Quinoprotein / tryptophan tryptophylquinone / cupredoxin / electron transfer / OXIDOREDUCTASE-electron transport COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aralkylamine dehydrogenase (azurin) / aralkylamine dehydrogenase (azurin) activity / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Azurin ...Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Azurin / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin / Aralkylamine dehydrogenase light chain / Aralkylamine dehydrogenase heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sukumar, N. / Chen, Z. / Leys, D. / Scrutton, N.S. / Ferrati, D. / Merli, A. / Rossi, G.L. / Bellamy, H.D. / Chistoserdov, A. / Davidson, V.L. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of an Electron Transfer Complex between Aromatic Amine Dehydrogenase and Azurin from Alcaligenes faecalis.
著者: Sukumar, N. / Chen, Z. / Ferrari, D. / Merli, A. / Rossi, G.L. / Bellamy, H.D. / Chistoserdov, A. / Davidson, V.L. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Atomic Description of an Enzyme Reaction Dominated by Proton Tunneling
著者: Masgrau, L. / Roujeinikova, A. / Johannissen, L.O. / Hothi, P. / Basran, J. / Ranaghan, K.E. / Mulholland, A.J. / Sutcliffe, M.J. / Scrutton, N.S. / Leys, D.
履歴
登録2006年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF AROMATIC AMINE DEHYDROGENASE (CHAINS A,D,B,E) ARE NOT AVAILABLE AT UNP ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF AROMATIC AMINE DEHYDROGENASE (CHAINS A,D,B,E) ARE NOT AVAILABLE AT UNP SEQUENCE DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING.
Remark 300BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 5 ...BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 5 CHAIN(S). AUTHOR STATES THAT THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE ALPHA-BETA-GAMMA HETEROTRIMER WHICH IS HALF THE BIOLOGICAL UNIT FOR A BINARY COMPLEX AND ONE ALPHA-BETA HETERODIMER WHICH IS NOT THE BIOLOGICAL ELECTRON TRANSFER BIOLOGICAL UNIT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic Amine Dehydrogenase
B: Aromatic Amine Dehydrogenase
C: Azurin
D: Aromatic Amine Dehydrogenase
E: Aromatic Amine Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,7666
ポリマ－128,7035
非ポリマー641
水17,817989
1
A: Aromatic Amine Dehydrogenase
B: Aromatic Amine Dehydrogenase
C: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2714
ポリマ－71,2073
非ポリマー641
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
2
D: Aromatic Amine Dehydrogenase
E: Aromatic Amine Dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4962
ポリマ－57,4962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11950 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area38060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.216, 131.722, 133.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aromatic Amine Dehydrogenase


分子量: 42978.754 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-390 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: IFO 14479 / 参照: UniProt: P84888, EC: 1.4.99.4
#2: タンパク質 Aromatic Amine Dehydrogenase


分子量: 14516.898 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-135 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: IFO 14479 / 参照: UniProt: P84887, EC: 1.4.99.4
#3: タンパク質 Azurin


分子量: 13711.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 株: IFO 14479 / 参照: UniProt: P00281
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG, MES and calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.381, 1.445
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.3811
21.4451
反射解像度: 1.95→47.04 Å / Num. all: 86390 / Num. obs: 80127 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 68.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→47.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 511838.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 3893 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 77391 89.5 %-
all-86380 --
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8317 0 1 989 9307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.95-2.080.25325045.20.21588689140
2.08-2.240.2476200.204911743
2.24-2.460.23326140.187512386
2.46-2.820.22226990.180312783
2.82-3.550.19937030.162613459
3.55-47.040.1747530.159113987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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