- PDB-2i9x: Structural Genomics, the crystal structure of SpoVG conserved dom... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2i9x
タイトル
Structural Genomics, the crystal structure of SpoVG conserved domain from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
要素
Putative septation protein spoVG
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC86317.1 / SpoVG / Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報
division septum assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore 類似検索 - 分子機能
Stage V sporulation protein G / Stage V sporulation protein G / Stage V sporulation protein G superfamily / SpoVG / Arylsulfatase, C-terminal domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.2.0019
精密化
SBC-Collect
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
HKL-3000
位相決定
SHELXE
モデル構築
SOLVE
位相決定
RESOLVE
位相決定
ARP/wARP
モデル構築
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.229 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2226
1010
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.18806
-
-
-
obs
0.18981
18719
99.69 %
-
all
-
18720
-
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK