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- PDB-2i91: 60kDa Ro autoantigen in complex with a fragment of misfolded RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i91
タイトル60kDa Ro autoantigen in complex with a fragment of misfolded RNA
要素
  • 5'-R(*C*GP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*A)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*CP*UP*AP*CP*CP*C)-3'
  • 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein
キーワードRNA Binding Protein/RNA / von Willebrand factor A / Rossmann-fold / HEAT repeat / MIDAS motif / RNA Binding Protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell projection organization / misfolded RNA binding / ribonucleoprotein complex / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TROVE domain / TROVE domain superfamily / RNA-binding protein RO60 / TROVE domain / TROVE domain profile. / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RNA / RNA (> 10) / RNA-binding protein RO60
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Reinisch, K.M. / Stein, A.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural and biochemical basis for misfolded RNA recognition by the Ro autoantigen.
著者: Fuchs, G. / Stein, A.J. / Fu, C. / Reinisch, K.M. / Wolin, S.L.
履歴
登録2006年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*GP*CP*CP*UP*AP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*C*GP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*A)-3'
E: 5'-R(*GP*CP*CP*UP*AP*CP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*C*GP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*A)-3'
A: 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein
B: 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,17410
ポリマ－136,0086
非ポリマー1674
水10,106561
1
C: 5'-R(*GP*CP*CP*UP*AP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*C*GP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*A)-3'
A: 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0875
ポリマ－68,0043
非ポリマー832
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-R(*GP*CP*CP*UP*AP*CP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*C*GP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*A)-3'
B: 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0875
ポリマ－68,0043
非ポリマー832
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.680, 119.980, 73.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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RNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*CP*UP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量: 2461.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*C*GP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*A)-3'


分子量: 4769.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 60 kDa SS-A/Ro ribonucleoprotein / 60 kDa Ro protein / 60 kDa ribonucleoprotein Ro / RoRNP / TROVE domain family member 2


分子量: 60772.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: trove2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42700

-
非ポリマー , 3種, 565分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 18-20% PEG 6000, 250 mM magnesium acetate, 100 mM sodium acetate Protein was mixed with RNA approximately 1:1., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2magnesium acetate11
3sodium acetate11
4H2O11
5PEG 600012
6magnesium acetate12
7sodium acetate12

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月25日
放射モノクロメーター: Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 35662 / Num. obs: 34410 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 3555 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YVP

1yvp


解像度: 2.65→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 3467 -random
Rwork0.241 ---
all0.245 35662 --
obs0.245 34410 96.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8269 934 10 561 9774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009158
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.626
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.65-2.670.474580.375X-RAY DIFFRACTION669
2.67-2.690.474590.375X-RAY DIFFRACTION647

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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