[日本語] English
万見
- PDB-2i7n: Crystal structure of human PANK1 alpha: the catalytic core domain... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i7n
タイトルCrystal structure of human PANK1 alpha: the catalytic core domain in complex with AcCoA
要素Pantothenate kinase 1
キーワードTRANSFERASE / PANK
機能・相同性
機能・相同性情報


Coenzyme A biosynthesis / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / clathrin-coated vesicle / recycling endosome / nucleolus / protein homodimerization activity / ATP binding ...Coenzyme A biosynthesis / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / clathrin-coated vesicle / recycling endosome / nucleolus / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Pantothenate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hong, B.S. / Wang, L. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Allali-Hassani, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of human pantothenate kinases. Insights into allosteric regulation and mutations linked to a neurodegeneration disorder.
著者: Hong, B.S. / Senisterra, G. / Rabeh, W.M. / Vedadi, M. / Leonardi, R. / Zhang, Y.M. / Rock, C.O. / Jackowski, S. / Park, H.W.
履歴
登録2006年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase 1
B: Pantothenate kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9724
ポリマ－80,3522
非ポリマー1,6192
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.989, 92.989, 197.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-929-

HOH

21B-990-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質 Pantothenate kinase 1 / Pantothenic acid kinase 1 / hPanK1 / hPanK


分子量: 40176.188 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 234-593 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK1, PANK / プラスミド: pET28aLIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TE04, pantothenate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG400, 0.2M CaCl, 0.1M Na HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rosenbaum-Rock double-crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 75175 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 47.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 7453 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→39.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2583293.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 3702 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.25 ---
obs0.222 73380 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8532 Å2 / ksol: 0.381281 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å22.03 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5143 0 58 252 5453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 518 5 %
Rwork0.227 9843 -
obs--82.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3aco-ade.paraco-ade.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る