[日本語] English
万見
- PDB-2i7f: Sphingomonas yanoikuyae B1 ferredoxin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i7f
タイトルSphingomonas yanoikuyae B1 ferredoxin
要素Ferredoxin component of dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / RIESKE FERREDOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin component of dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium yanoikuyae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ramaswamy, S. / Brown, E.N.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural investigations of the ferredoxin and terminal oxygenase components of the biphenyl 2,3-dioxygenase from Sphingobium yanoikuyae B1.
著者: Ferraro, D.J. / Brown, E.N. / Yu, C.L. / Parales, R.E. / Gibson, D.T. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2006年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence The sequence of this protein is not available in uniprot database at the time of processing

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin component of dioxygenase
B: Ferredoxin component of dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1627
ポリマ－23,3302
非ポリマー8325
水3,477193
1
A: Ferredoxin component of dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1294
ポリマ－11,6651
非ポリマー4643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferredoxin component of dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0333
ポリマ－11,6651
非ポリマー3682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.064, 62.064, 238.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-570-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ferredoxin component of dioxygenase


分子量: 11665.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium yanoikuyae (バクテリア)
株: B1 / 遺伝子: ahdA3 / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2TC31
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.05M phosphate buffer, 0.1M citric acid, 1.6M ammonium sulfate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.0332 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年2月21日
放射モノクロメーター: Si Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→49 Å / Num. all: 25261 / Num. obs: 25261 / % possible obs: 70.4 % / 冗長度: 4.74 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.1 / Scaling rejects: 906
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 1.24 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. measured all: 315 / Num. unique all: 254 / Χ2: 1.16 / % possible all: 7.2

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.572 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.295
最高解像度最低解像度
Translation3 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1Lデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FQT

1fqt


解像度: 1.9→9.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.257 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1059 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.196 20863 --
obs0.196 20863 93.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20.63 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→9.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 39 193 1779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.9782212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97232527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3645204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.6926.23269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52515241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.678152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.21020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3460.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3540.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0611.51283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2331.5411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31421650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4643693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3574.5557
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 59 -
Rwork0.247 924 -
obs-983 62.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21030.9417-0.1873.37510.22681.56680.0240.01190.0074-0.00320.0070.0175-0.0047-0.0132-0.031-0.05210.0243-0.0026-0.0279-0.0156-0.076213.151638.436735.172
20.8942-0.21960.02372.6226-0.32171.3436-0.01090.0175-0.00390.00630.04650.0893-0.0515-0.1432-0.0356-0.0658-0.0076-0.0239-0.0263-0.0039-0.06899.625212.687325.2972
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 3 - 562 / Label seq-ID: 3

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11A - BA - I
22BB - I

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る