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- PDB-2i79: The crystal structure of the acetyltransferase of GNAT family fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i79
タイトルThe crystal structure of the acetyltransferase of GNAT family from Streptococcus pneumoniae
要素Acetyltransferase, GNAT family
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / GNAT family / acetyl Coenzyme *A / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Acetyltransferase, GNAT family / Acetyltransferase, GNAT family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, R.G. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the acetyltransferase of GNAT family from Streptococcus pneumoniae
著者: Zhang, R.G. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase, GNAT family
B: Acetyltransferase, GNAT family
C: Acetyltransferase, GNAT family
D: Acetyltransferase, GNAT family
E: Acetyltransferase, GNAT family
F: Acetyltransferase, GNAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,01812
ポリマ－116,1616
非ポリマー4,8576
水6,107339
1
A: Acetyltransferase, GNAT family
E: Acetyltransferase, GNAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3394
ポリマ－38,7202
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
2
B: Acetyltransferase, GNAT family
C: Acetyltransferase, GNAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3394
ポリマ－38,7202
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
3
D: Acetyltransferase, GNAT family
F: Acetyltransferase, GNAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3394
ポリマ－38,7202
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.131, 174.792, 56.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細This protein existed as dimer. MolA/MolE, MolB/MolC, MolD/MolF represent three dimers in asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Acetyltransferase, GNAT family


分子量: 19360.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q97NS4, UniProt: A0A0H2URR1*PLUS, amino-acid N-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 35%MPD, MES pH6.0, 0.2M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 73580 / Num. obs: 68790 / % possible obs: 93.49 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 39.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5664 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 62.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 11.284 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.196
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25133 3647 5 %RANDOM
Rwork0.20823 ---
obs0.21045 68790 93.49 %-
all-73580 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---2.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.04 Å0.034 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8061 0 306 339 8706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228489
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5932.00611484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.966313828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.751008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49324.514401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.446151515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3721560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.26009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.24062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1160.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.11.56542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1621.52104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28727996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14133985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1494.53488
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 176 -
Rwork0.239 3365 -
obs-3647 62.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 77.755 Å / Origin y: 42.637 Å / Origin z: 13.547 Å
111213212223313233
T-0.1799 Å2-0.0093 Å20.0058 Å2--0.0545 Å20.0343 Å2--0.0143 Å2
L0.4153 °2-0.2194 °2-0.0361 °2-0.3772 °20.0003 °2--0.0739 °2
S-0.0228 Å °-0.0453 Å °0.0057 Å °-0.0036 Å °0.0116 Å °0.0131 Å °-0.0307 Å °-0.0117 Å °0.0112 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 501 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1AA51 - 10051 - 100
3X-RAY DIFFRACTION1AA101 - 140101 - 140
4X-RAY DIFFRACTION1AA141 - 171141 - 171
5X-RAY DIFFRACTION1BB3 - 503 - 50
6X-RAY DIFFRACTION1BB51 - 10051 - 100
7X-RAY DIFFRACTION1BB101 - 140101 - 140
8X-RAY DIFFRACTION1BB141 - 171141 - 171
9X-RAY DIFFRACTION1CC1 - 501 - 50
10X-RAY DIFFRACTION1CC51 - 10051 - 100
11X-RAY DIFFRACTION1CC101 - 140101 - 140
12X-RAY DIFFRACTION1CC141 - 171141 - 171
13X-RAY DIFFRACTION1DD5 - 505 - 50
14X-RAY DIFFRACTION1DD51 - 10051 - 100
15X-RAY DIFFRACTION1DD101 - 140101 - 140
16X-RAY DIFFRACTION1DD141 - 172141 - 172
17X-RAY DIFFRACTION1EE5 - 505 - 50
18X-RAY DIFFRACTION1EE51 - 10051 - 100
19X-RAY DIFFRACTION1EE101 - 140101 - 140
20X-RAY DIFFRACTION1EE141 - 171141 - 171
21X-RAY DIFFRACTION1FF4 - 504 - 50
22X-RAY DIFFRACTION1FF51 - 10051 - 100
23X-RAY DIFFRACTION1FF101 - 140101 - 140
24X-RAY DIFFRACTION1FF141 - 172141 - 172

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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