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Yorodumi- PDB-2i79: The crystal structure of the acetyltransferase of GNAT family fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2i79 | ||||||
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Title | The crystal structure of the acetyltransferase of GNAT family from Streptococcus pneumoniae | ||||||
Components | Acetyltransferase, GNAT family | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acetyltransferase / GNAT family / acetyl Coenzyme *A / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Zhang, R.G. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of the acetyltransferase of GNAT family from Streptococcus pneumoniae Authors: Zhang, R.G. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2i79.cif.gz | 216.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2i79.ent.gz | 178.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2i79.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/2i79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/2i79 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | This protein existed as dimer. MolA/MolE, MolB/MolC, MolD/MolF represent three dimers in asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 19360.102 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: TIGR4 / Plasmid: PDM68 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q97NS4, UniProt: A0A0H2URR1*PLUS, amino-acid N-acetyltransferase #2: Chemical | ChemComp-ACO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 35%MPD, MES pH6.0, 0.2M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9798 Å |
Detector | Type: SBC-2 / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 73580 / Num. obs: 68790 / % possible obs: 93.49 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 39.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 26.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5664 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 62.52 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 11.284 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.196 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.864 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→44.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 77.755 Å / Origin y: 42.637 Å / Origin z: 13.547 Å
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Refinement TLS group |
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