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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i5n | ||||||
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タイトル | 1.96 A X-ray structure of photosynthetic reaction center from Rhodopseudomonas viridis:Crystals grown by microfluidic technique | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosynthetic reaction center / secondary quinone (QB) / microfluidic technique / hybrid / microbatch / plug | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Blastochloris viridis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Li, L. / Mustafi, D. / Fu, Q. / Tereshko, V. / Chen, D.L. / Tice, J.D. / Ismagilov, R.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Nanoliter microfluidic hybrid method for simultaneous screening and optimization validated with crystallization of membrane proteins. 著者: Li, L. / Mustafi, D. / Fu, Q. / Tereshko, V. / Chen, D.L. / Tice, J.D. / Ismagilov, R.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i5n.cif.gz | 297.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i5n.ent.gz | 233.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i5n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2i5n_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2i5n_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2i5n_validation.xml.gz | 57.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2i5n_validation.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dxrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#1: タンパク質 | 分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 細胞内の位置: INTRACYTOPLASMIC MEMBRANE (ICM) / 参照: UniProt: P07173 |
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-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM
#2: タンパク質 | 分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 細胞内の位置: INTRACYTOPLASMIC MEMBRANE (ICM) / 参照: UniProt: P06008 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 細胞内の位置: INTRACYTOPLASMIC MEMBRANE (ICM) / 参照: UniProt: P06009 |
#4: タンパク質 | 分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 細胞内の位置: INTRACYTOPLASMIC MEMBRANE (ICM) / 参照: UniProt: P06010 |
-非ポリマー , 12種, 820分子
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-HEC / #7: 化合物 | ChemComp-HTO / #8: 化合物 | ChemComp-LDA / #9: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 #10: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #11: 化合物 | ChemComp-BCB / #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-MQ9 / | #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-NS5 / | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % |
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結晶化 | 詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN BY MICROFLUIDIC TECHNIQUE USING CRYSTALLIZATION BUFFER: 1.6 - 1.8 M (NH4)2SO4 IN TRIS PH 7.8. THE ADDITIVES WERE HEPTANETRIOL (3%, W/V) AND 2% TRIETHYL AMONIUM ...詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN BY MICROFLUIDIC TECHNIQUE USING CRYSTALLIZATION BUFFER: 1.6 - 1.8 M (NH4)2SO4 IN TRIS PH 7.8. THE ADDITIVES WERE HEPTANETRIOL (3%, W/V) AND 2% TRIETHYL AMONIUM PHOSPHATE. THE DETERGENT WAS LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE (LDA). THE PROTEIN COMPLEX WAS IN SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.0 AND 0.08% LDA. |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月17日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→20 Å / Num. obs: 189189 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 67.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DXR 解像度: 1.96→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.071 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BOTH AMMONIUM SULFATE AND PHOSPHATE BUFFER WERE USED IN THE CRYSTALLIZATION, THEREFORE SOME OF SO4 IONS (U 801-813) IDENTIFIED IN THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BOTH AMMONIUM SULFATE AND PHOSPHATE BUFFER WERE USED IN THE CRYSTALLIZATION, THEREFORE SOME OF SO4 IONS (U 801-813) IDENTIFIED IN THE STRUCTURE COULD BE PHOSPHATE IONS. DIFFERENCE ELECTRON DENSITY WAS DETECTED AT >2.5 SIGMA LEVEL NEXT TO SEVERAL LYS (L 207) AND HIS (C 24, M 16, M 78, M 108, M 143) RESIDUES. THESE SITES WERE INCORPORATED IN THE COORDINATE FILES AS SO4 RESIDUES (U 814-819) WITH OCCUPANCY=0. SEVERAL REGIONS DISPLAYED TUBE-LIKE DIFFERENCE DENSITY AT THE SURFACE OF THE COMPLEX. WE HAVE USED DETERGENT IN THE CRYSTALLIZATION AND PARAFFIN OIL FOR CRYO-PROTECTION. THE DIFFERENCE DENSITY WAS DETECTED ONLY AT 2.5 SIGMA LEVEL INDICATING THAT THESE SITES ARE ONLY PARTIALLY OCCUPIED. THE DIFFERENCE DENSITY HAS BEEN TREATED AS AN UNKNOWN LIGAND TYPE (UNL) WITH OCCUPANCY=0.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.96→2.02 Å / Total num. of bins used: 20
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