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- PDB-2i3h: Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a 4-mer peptide (AVPW) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i3h
タイトルStructure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a 4-mer peptide (AVPW)
要素
  • AVPW peptide
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
キーワードINHIBITOR/APOPTOSIS / ZINC BINDING / PEPTIDE COMPLEX / APOPTOSIS INHIBITION / PEPTIDOMIMETIC / SMALL MOLECULE / DRUG DESIGN / INHIBITOR-APOPTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / apoptotic process / centrosome / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site ...Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Fairbrother, W.J. / Franklin, M.C.
引用
ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Design, synthesis, and biological activity of a potent Smac mimetic that sensitizes cancer cells to apoptosis by antagonizing IAPs.
著者: Zobel, K. / Wang, L. / Varfolomeev, E. / Franklin, M.C. / Elliott, L.O. / Wallweber, H.J. / Okawa, D.C. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Fairbrother, W.J. / Deshayes, K.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: Engineering ML-IAP to produce an extraordinarily potent caspase-9 inhibitor: implications for Smac-dependent anti-apoptotic activity of ML-IAP
著者: Vucic, D. / Franklin, M.C. / Wallweber, H.J. / Das, K. / Eckelman, B.P. / Shin, H. / Elliott, L.O. / Deshayes, K. / Salvesen, G.S. / Fairbrother, W.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP)
著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J.
履歴
登録2006年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE For entity 1 (chains A and B) residues 150, 160-168, and 172 replaced with XIAP-BIR3 homologues.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
D: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,36910
ポリマ－30,8984
非ポリマー4716
水4,197233
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5153
ポリマ－15,4492
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5590 Å2
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8557
ポリマ－15,4492
非ポリマー4065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6080 Å2
手法PISA
3
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
D: AVPW peptide
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
D: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,73920
ポリマ－61,7968
非ポリマー94212
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area8380 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
4
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: AVPW peptide
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,36910
ポリマ－30,8984
非ポリマー4716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2950 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
5
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: AVPW peptide
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
D: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,79618
ポリマ－60,8536
非ポリマー94212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area6590 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
6
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,79618
ポリマ－60,8536
非ポリマー94212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area6870 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
C: AVPW peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8989
ポリマ－30,4273
非ポリマー4716
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.541, 87.541, 73.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 7 / Kidney inhibitor of apoptosis protein / KIAP / Melanoma inhibitor of apoptosis protein / ML-IAP / Livin


分子量: 14977.567 Da / 分子数: 2 / 断片: ML-IAP residues 63-172
変異: RESIDUES 150, 160-168, AND 172 REPLACED WITH XIAP-BIR3 HOMOLOGUES
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC7 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96CA5
#2: タンパク質・ペプチド AVPW peptide


分子量: 471.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized peptide

-
非ポリマー , 5種, 239分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Lithium sulfate, PEG 3350, Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: Water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 37115 / Num. obs: 32349 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 0.7 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1397 / % possible all: 38.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1.3 A structure of the ML-IAP/XIAP protein bound to a different peptidomimetic, with the ligand and surrounding waters removed

解像度: 1.62→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.519 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17965 1631 5.1 %RANDOM
Rwork0.16093 ---
all0.16185 37021 --
obs0.16185 30666 87.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1562 0 25 233 1820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.9242218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74833180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5235189
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.21497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0970.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.230.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4212.5964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17651527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8422.5679
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6795691
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.86621643
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.0382233
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.13121574
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.307 58
Rwork0.326 876
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7484-0.391-0.30163.342-0.30561.39360.0480.1506-0.0254-0.254-0.0659-0.04590.0622-0.01480.01790.14630.00510.02190.15930.00760.170685.05168.27622.877
21.02540.0350.35782.2785-0.97441.1599-0.0176-0.09580.01180.18420.00450.0035-0.0581-0.04310.01310.15860.00380.01280.13710.00180.156178.3259.78250.769
3-0.6556-2.1066-5.96246.20832.815718.4355-0.4311.0442-0.79250.06420.12130.7165-0.0593-1.1950.30970.11170.0704-0.01640.1846-0.01910.112679.40261.93715.342
41.77043.831.00348.3622-6.338733.0082-0.0981-0.00750.0150.10350.16350.23180.3048-0.2042-0.06540.0127-0.0204-0.00970.0333-0.00040.396568.64555.24248.774
588.4259-1.1598-24.8594187.706831.7684121.97110.6004-1.0142-1.19773.1746-1.98662.34290.3984-1.50381.38630.3343-0.0020.04350.34760.07220.312570.08749.78258.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA78 - 16739 - 128
2X-RAY DIFFRACTION1AE10011
3X-RAY DIFFRACTION2BB78 - 17139 - 132
4X-RAY DIFFRACTION2BF10011
5X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 41 - 4
6X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 41 - 4
7X-RAY DIFFRACTION5BH4011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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