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- PDB-2i3a: Crystal structure of N-Acetyl-gamma-Glutamyl-Phosphate Reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i3a
タイトルCrystal structure of N-Acetyl-gamma-Glutamyl-Phosphate Reductase (Rv1652) from Mycobacterium tuberculosis
要素N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dimer interface beta sandwich / tetramer / Rossmann fold / Structural Genomics / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / L-arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / protein dimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain ...: / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Cherney, L.T. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / Moraidin, F. / James, M.N.G. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate Reductase from Mycobacterium tuberculosis in Complex with NADP(+).
著者: Cherney, L.T. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / Niu, C. / Moradian, F. / James, M.N.G.
履歴
登録2006年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
B: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
C: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
D: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2028
ポリマ－145,3654
非ポリマー8374
水16,502916
1
A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
D: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1014
ポリマ－72,6822
非ポリマー4182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
2
B: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
C: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1014
ポリマ－72,6822
非ポリマー4182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15540 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area43620 Å2
手法PISA
4
A: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
C: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子

B: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
D: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2028
ポリマ－145,3654
非ポリマー8374
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
Buried area6450 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area52700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.695, 104.031, 138.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 352 / Label seq-ID: 10 - 352

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The biologycal assembly is a dimer. There are two dimers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / AGPR / N-acetyl-glutamate semialdehyde dehydrogenase / NAGSA dehydrogenase


分子量: 36341.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: argC / プラスミド: pDEST15-1652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P63562, UniProt: P9WPZ9*PLUS, N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG MME 5000, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 70645 / Num. obs: 69868 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.412 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 3532 5.1 %RANDOM
Rwork0.16112 ---
obs0.16429 66273 98.62 %-
all-67200 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.519 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10017 0 56 916 10989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02110293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7981.96714094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73251377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23622.299374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.098151419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9551580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.24809
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.26969
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0721.56998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.726210931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74733658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3244.53163
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2491 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.640.5
2Bmedium positional0.590.5
3Cmedium positional0.510.5
4Dmedium positional0.530.5
1Amedium thermal1.582
2Bmedium thermal1.212
3Cmedium thermal1.232
4Dmedium thermal1.872
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.209 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 256 -
Rwork0.219 4291 -
obs-4291 87.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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