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- PDB-4kug: Crystal structure of 3-hydroxybutylryl-CoA dehydrogenase with NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kug
タイトルCrystal structure of 3-hydroxybutylryl-CoA dehydrogenase with NAD from Clostridium butyricum
要素3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HCDH C-domain-like/NAD(P)-binding protein / beta-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


butyrate metabolic process / 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium butyricum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, E.J. / Kim, S. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of (S)-3-hydroxybutylryl-CoA dehydrogenase form the n-butanol sysnthesizing bacterium, Clostridium butyricum
著者: Kim, E.J. / Kim, S. / Kim, K.J.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
B: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
C: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
D: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,8128
ポリマ－126,1584
非ポリマー2,6544
水3,927218
1
A: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
B: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4064
ポリマ－63,0792
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23580 Å2
手法PISA
2
C: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
D: 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4064
ポリマ－63,0792
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.450, 148.450, 201.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase


分子量: 31539.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium butyricum (バクテリア)
株: E4 str. BoNT E BL5262 / 遺伝子: hbd, CLP_3850 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C4IEM5, 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 % / Mosaicity: 1.013 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: (NH4)2SO4, CAPs, Li2SO4, pH 10.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97985 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97985 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 29.91 / 数: 241073 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.84 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 65804 / % possible obs: 89.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.32.3889.610.2961.0583.1
2.382.4888.210.2591.1343.1
2.482.5986.810.2121.3053.1
2.592.7386.410.1721.6053.1
2.732.98710.142.013.2
2.93.1288.510.1162.643.4
3.123.4489.810.093.6773.8
3.443.9391.110.0744.5054.2
3.934.9591.610.0584.7214.5
4.955095.810.042.8984.9
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 73562 / Num. obs: 65804 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.837 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.383.10.29665961.058189.6
2.38-2.483.10.25965091.134188.2
2.48-2.593.10.21263661.305186.8
2.59-2.733.10.17263341.605186.4
2.73-2.93.20.1464032.01187
2.9-3.123.40.11665102.64188.5
3.12-3.443.80.0966043.677189.8
3.44-3.934.20.07466854.505191.1
3.93-4.954.50.05867654.721191.6
4.95-504.90.0470322.898195.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F0Y

1f0y


解像度: 2.3→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2659 / WRfactor Rwork: 0.2061 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7312 / SU B: 7.938 / SU ML: 0.191 / SU R Cruickshank DPI: 0.3057 / SU Rfree: 0.2584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2815 3331 5.1 %RANDOM
Rwork0.2182 ---
obs0.2214 65803 89.41 %-
all-62472 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.79 Å2 / Biso mean: 53.429 Å2 / Biso min: 20.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20.67 Å20 Å2
2--0.67 Å2-0 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8516 0 176 218 8910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.832.01311904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.847320296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.01551124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.59525.128312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.154151652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.381540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.15.124508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.15.1194507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5547.6695628
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 246 -
Rwork0.288 4623 -
all-4869 -
obs--88.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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