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- PDB-2i32: Structure of a human ASF1a-HIRA complex and insights into specifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i32
タイトルStructure of a human ASF1a-HIRA complex and insights into specificity of histone chaperone complex assembly
要素
  • Anti-Silencing Factor 1 paralog a
  • Histone Regulatory homolog A
キーワードREPLICATION CHAPERONE / Histone Deposition / Chromatin Regulation / Histone Chaperones / ASF1 / HIRA / CAF-1
機能・相同性
機能・相同性情報


HIR complex / histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / anatomical structure morphogenesis / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / gastrulation ...HIR complex / histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / anatomical structure morphogenesis / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / gastrulation / PML body / transcription corepressor activity / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
TUP1-like enhancer of split / WD repeat HIR1 / TUP1-like enhancer of split / : / CAF1B/HIR1 beta-propeller domain / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Trp-Asp (WD) repeats signature. ...TUP1-like enhancer of split / WD repeat HIR1 / TUP1-like enhancer of split / : / CAF1B/HIR1 beta-propeller domain / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein HIRA / Histone chaperone ASF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Marmorstein, R. / Tang, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of a human ASF1a-HIRA complex and insights into specificity of histone chaperone complex assembly.
著者: Tang, Y. / Poustovoitov, M.V. / Zhao, K. / Garfinkel, M. / Canutescu, A. / Dunbrack, R. / Adams, P.D. / Marmorstein, R.
履歴
登録2006年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-Silencing Factor 1 paralog a
B: Anti-Silencing Factor 1 paralog a
E: Histone Regulatory homolog A
F: Histone Regulatory homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1064
ポリマ－54,1064
非ポリマー00
水2,342130
1
A: Anti-Silencing Factor 1 paralog a
E: Histone Regulatory homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0532
ポリマ－27,0532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
2
B: Anti-Silencing Factor 1 paralog a
F: Histone Regulatory homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0532
ポリマ－27,0532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.226, 116.226, 167.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Anti-Silencing Factor 1 paralog a / ASF1a protein / ASF1 anti-silencing function 1 homolog A / Hypothetical protein FLJ22085 / Anti- ...ASF1a protein / ASF1 anti-silencing function 1 homolog A / Hypothetical protein FLJ22085 / Anti-silencing function 1A / CGI-98 protein / CIA


分子量: 20837.066 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, DKFZp564E2182 / プラスミド: modified pET_Duet (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21_Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y294
#2: タンパク質 Histone Regulatory homolog A / HIRA protein / TUP1-like enhancer of split protein 1


分子量: 6215.963 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 425-472 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIRA, DGCR1, HIR, TUPLE1 / プラスミド: modified pCDF_Duet vector (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21_Gold(DE3) / 参照: UniProt: P54198
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: CRYSTALS OF THE HUMAN ASF1AN-HIRA(425-472) COMPLEX WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE AND WERE OBTAINED BY MIXING 2 UL OF A 0.5 MM PROTEIN COMPLEX SOLUTION (IN 20 ...詳細: CRYSTALS OF THE HUMAN ASF1AN-HIRA(425-472) COMPLEX WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE AND WERE OBTAINED BY MIXING 2 UL OF A 0.5 MM PROTEIN COMPLEX SOLUTION (IN 20 MM HEPES PH 7.0, 150 MM NACL AND 5 MM BETA-ME) WITH 2 UL OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.44 M NAH2PO4 AND 0.16 M K2HPO4 AT PH 5.6, AND EQUILIBRATING OVER 1.0 ML OF RESERVOIR SOLUTION. CRYSTALS WERE FULLY GROWN WITHIN TWO WEEKS TO A TYPICAL SIZE OF 0.3MMX0.3MMX0.2MM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 12.8 / 数: 200485 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.01 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23857 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.385099.810.0251.007
4.275.3810010.0280.994
3.734.2710010.0391
3.393.7310010.061.014
3.153.3910010.0911.009
2.963.1510010.1510.996
2.822.9610010.2680.983
2.692.8210010.3851.021
2.592.6910010.5891.045
2.52.5999.610.6411.014
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 43841 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.5 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.641 / Num. unique all: 2322 / Χ2: 1.014 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ROC

1roc


解像度: 2.7→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1813 9.6 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all-19106 --
obs-43841 95.7 %-
溶媒の処理Bsol: 41.493 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 52.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.451 Å2-8.556 Å20 Å2
2---8.451 Å20 Å2
3---16.901 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2780 0 0 130 2910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.421
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1332
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2752.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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