PDB-2i2r: Crystal structure of the KChIP1/Kv4.3 T1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i2r

タイトル

Crystal structure of the KChIP1/Kv4.3 T1 complex

要素

Kv channel-interacting protein 1
Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / EF-Hand protein / complex / potassium channel / NCS protein / calcium binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / : / ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / perinuclear endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Findeisen, F. / Pioletti, M. / Minor Jr., D.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Three-dimensional structure of the KChIP1-Kv4.3 T1 complex reveals a cross-shaped octamer
著者: Pioletti, M. / Findeisen, F. / Hura, G.L. / Minor Jr., D.L.

履歴

登録	2006年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i2r.cif.gz	479.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i2r.ent.gz	383.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s1gS 1s6cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nz0-1 2qs8-2 6slf-d 4fvj-d 5wkq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#38 - 2003年2月
カリウムチャネル (Potassium Channels)
類似性 (2)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

C: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

E: Kv channel-interacting protein 1

F: Kv channel-interacting protein 1

G: Kv channel-interacting protein 1

H: Kv channel-interacting protein 1

I: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

J: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

K: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

L: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

M: Kv channel-interacting protein 1

N: Kv channel-interacting protein 1

O: Kv channel-interacting protein 1

P: Kv channel-interacting protein 1

ヘテロ分子

304 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

C: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

E: Kv channel-interacting protein 1

F: Kv channel-interacting protein 1

G: Kv channel-interacting protein 1

H: Kv channel-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 8 ポリマー
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2

I: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

J: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

K: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

L: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3

M: Kv channel-interacting protein 1

N: Kv channel-interacting protein 1

O: Kv channel-interacting protein 1

P: Kv channel-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 8 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.151, 98.105, 97.783
Angle α, β, γ (deg.)	91.00, 112.56, 111.77
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	A	A	39 - 140	40 - 141
2	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	B	B	39 - 140	40 - 141
3	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	C	C	39 - 140	40 - 141
4	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	D	D	39 - 140	40 - 141
5	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	I	I	39 - 140	40 - 141
6	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	J	J	39 - 140	40 - 141
7	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	K	K	39 - 140	40 - 141
8	1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	1	L	L	39 - 140	40 - 141
1	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	F	F	38 - 157	2 - 121
2	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	H	H	38 - 157	2 - 121
3	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	E	E	38 - 157	2 - 121
4	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	G	G	38 - 157	2 - 121
5	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	P	P	38 - 157	2 - 121
6	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	M	M	38 - 157	2 - 121
7	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	N	N	38 - 157	2 - 121
8	1	2	GLY	GLY	MET	MET	1	O	O	38 - 157	2 - 121
9	2	2	MET	MET	THR	THR	4	F	F	158 - 170	122 - 134
10	2	2	MET	MET	THR	THR	4	H	H	158 - 170	122 - 134
11	2	2	MET	MET	THR	THR	4	E	E	158 - 170	122 - 134
12	2	2	MET	MET	THR	THR	4	G	G	158 - 170	122 - 134
13	2	2	MET	MET	THR	THR	4	P	P	158 - 170	122 - 134
14	2	2	MET	MET	THR	THR	4	M	M	157 - 170	121 - 134
15	2	2	MET	MET	THR	THR	4	N	N	157 - 170	121 - 134
16	2	2	MET	MET	THR	THR	4	O	O	158 - 170	122 - 134
17	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	F	F	171 - 210	135 - 174
18	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	H	H	171 - 210	135 - 174
19	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	E	E	171 - 210	135 - 174
20	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	G	G	171 - 210	135 - 174
21	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	P	P	171 - 210	135 - 174
22	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	M	M	171 - 210	135 - 174
23	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	N	N	171 - 210	135 - 174
24	3	2	PRO	PRO	GLN	GLN	1	O	O	171 - 210	135 - 174
1	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	A	A	3 - 20	4 - 21
2	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	B	B	3 - 20	4 - 21
3	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	C	C	3 - 20	4 - 21
4	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	D	D	3 - 20	4 - 21
5	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	I	I	3 - 20	4 - 21
6	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	J	J	3 - 20	4 - 21
7	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	K	K	3 - 20	4 - 21
8	1	3	ALA	ALA	MET	MET	1	L	L	3 - 20	4 - 21
9	2	3	MET	MET	GLN	GLN	4	A	A	20 - 38	21 - 39
10	2	3	MET	MET	GLN	GLN	4	B	B	20 - 38	21 - 39
11	2	3	MET	MET	GLN	GLN	4	C	C	20 - 38	21 - 39
12	2	3	MET	MET	GLN	GLN	4	D	D	20 - 38	21 - 39
13	2	3	PRO	PRO	GLN	GLN	4	I	I	21 - 38	22 - 39
14	2	3	MET	MET	GLN	GLN	4	J	J	20 - 38	21 - 39
15	2	3	PRO	PRO	GLN	GLN	4	K	K	21 - 38	22 - 39
16	2	3	PRO	PRO	GLN	GLN	4	L	L	21 - 38	22 - 39
1	1	4	LEU	LEU	MET	MET	1	F	F	211 - 216	175 - 180
2	1	4	LEU	LEU	MET	MET	1	E	E	211 - 216	175 - 180
3	1	4	LEU	LEU	MET	MET	1	P	P	211 - 216	175 - 180
4	1	4	LEU	LEU	MET	MET	1	M	M	211 - 216	175 - 180
5	1	4	LEU	LEU	MET	MET	1	N	N	211 - 216	175 - 180

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The asymmetric unit contains two copies of the biologically relevant unit: Chains A-H form one unit, chains I-P the other one.

#1: タンパク質	Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv4.3 分子量: 16806.988 Da / 分子数: 8 / 断片: N-terminus and T1 domain (residues 1-143) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnd3 / プラスミド: pET28-HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 pLYS-S / 参照: UniProt: Q62897
#2: タンパク質	Kv channel-interacting protein 1 / KChIP1 / A-type potassium channel modulatory protein 1 / Potassium channel-interacting protein 1 / ...KChIP1 / A-type potassium channel modulatory protein 1 / Potassium channel-interacting protein 1 / Vesicle APC-binding protein 分子量: 21029.623 Da / 分子数: 8 / 断片: conserved structural core (residues 37-216) / Mutation: K160A, K167A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNIP1, KCHIP1, VABP / プラスミド: pEGST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 pLYS-S / 参照: UniProt: Q9NZI2
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG3000, 0.2M sodium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月6日 / 詳細: Double Crystal Si(111)
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→91.29 Å / Num. all: 41773 / Num. obs: 40483 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 103 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 3.35→3.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 5873 / R_sym value: 0.425 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1S1G (For Kv4.3 T1 domain), PDB entry 1S6C (For KChIP1)

1s1g

1s6c

解像度: 3.35→91.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 77.173 / SU ML: 0.566 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.648 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26811	2038	5 %	RANDOM
R_work	0.23651	-	-	-
obs	0.23807	38594	96.92 %	-
all	-	38594	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.03 Å²	-0.81 Å²	3.49 Å²
2-	-	-4.31 Å²	0.73 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→91.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18942	0	28	0	18970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	19406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.933	26357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.698	5	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.977	24.346	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.652	15	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.737	15	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	9557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	13543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	694
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.21	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.372	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.427	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.347	1.5	12018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.705	2	19043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.076	3	7650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.924	4.5	7314
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	856	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	856	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	856	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	856	tight positional	0.04	0.05
1	5	I	856	tight positional	0.04	0.05
1	6	J	856	tight positional	0.04	0.05
1	7	K	856	tight positional	0.04	0.05
1	8	L	856	tight positional	0.04	0.05
2	1	F	1205	tight positional	0.04	0.05
2	2	H	1205	tight positional	0.05	0.05
2	3	E	1205	tight positional	0.05	0.05
2	4	G	1205	tight positional	0.04	0.05
2	5	P	1205	tight positional	0.04	0.05
2	6	M	1205	tight positional	0.04	0.05
2	7	N	1205	tight positional	0.03	0.05
2	8	O	1205	tight positional	0.04	0.05
3	1	A	95	tight positional	0.05	0.05
3	2	B	95	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	95	tight positional	0.06	0.05
3	4	D	95	tight positional	0.05	0.05
3	5	I	95	tight positional	0.03	0.05
3	6	J	95	tight positional	0.03	0.05
3	7	K	95	tight positional	0.03	0.05
3	8	L	95	tight positional	0.04	0.05
4	1	F	24	tight positional	0.04	0.05
4	2	E	24	tight positional	0.03	0.05
4	3	P	24	tight positional	0.06	0.05
4	4	M	24	tight positional	0.06	0.05
4	5	N	24	tight positional	0.04	0.05
2	1	F	5	medium positional	1.09	0.5
2	2	H	5	medium positional	0.7	0.5
2	3	E	5	medium positional	1.39	0.5
2	4	G	5	medium positional	0.86	0.5
2	5	P	5	medium positional	0.65	0.5
2	6	M	5	medium positional	0.78	0.5
2	7	N	5	medium positional	1.07	0.5
2	8	O	5	medium positional	1.32	0.5
1	1	A	856	tight thermal	0.07	0.5
1	2	B	856	tight thermal	0.06	0.5
1	3	C	856	tight thermal	0.06	0.5
1	4	D	856	tight thermal	0.06	0.5
1	5	I	856	tight thermal	0.06	0.5
1	6	J	856	tight thermal	0.06	0.5
1	7	K	856	tight thermal	0.06	0.5
1	8	L	856	tight thermal	0.06	0.5
2	1	F	1205	tight thermal	0.06	0.5
2	2	H	1205	tight thermal	0.07	0.5
2	3	E	1205	tight thermal	0.06	0.5
2	4	G	1205	tight thermal	0.05	0.5
2	5	P	1205	tight thermal	0.06	0.5
2	6	M	1205	tight thermal	0.05	0.5
2	7	N	1205	tight thermal	0.04	0.5
2	8	O	1205	tight thermal	0.05	0.5
3	1	A	95	tight thermal	0.08	0.5
3	2	B	95	tight thermal	0.07	0.5
3	3	C	95	tight thermal	0.08	0.5
3	4	D	95	tight thermal	0.08	0.5
3	5	I	95	tight thermal	0.06	0.5
3	6	J	95	tight thermal	0.04	0.5
3	7	K	95	tight thermal	0.04	0.5
3	8	L	95	tight thermal	0.05	0.5
4	1	F	24	tight thermal	0.07	0.5
4	2	E	24	tight thermal	0.08	0.5
4	3	P	24	tight thermal	0.08	0.5
4	4	M	24	tight thermal	0.07	0.5
4	5	N	24	tight thermal	0.07	0.5
2	1	F	5	medium thermal	1.5	2
2	2	H	5	medium thermal	0.41	2
2	3	E	5	medium thermal	0.34	2
2	4	G	5	medium thermal	0.26	2
2	5	P	5	medium thermal	0.8	2
2	6	M	5	medium thermal	0.19	2
2	7	N	5	medium thermal	0.35	2
2	8	O	5	medium thermal	0.28	2

LS精密化シェル

解像度: 3.35→3.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	139	-
R_work	0.351	2852	-
obs	-	-	96.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1493	0.0696	0.179	10.7225	-1.0795	9.3482	0.1832	-0.7157	0.1549	0.9513	-0.0982	-0.1431	-0.4099	0.7972	-0.085	-0.5742	0.0911	-0.054	-0.5024	-0.0173	-0.4481	-9.8154	3.2092	11.9988
2	10.0934	-2.8437	-1.8497	7.6983	-1.3054	9.0899	-0.2399	-0.7226	-0.0613	0.5995	0.1145	-0.8006	0.3428	0.8984	0.1254	-0.617	0.1384	-0.0084	-0.4488	0.083	-0.5152	-0.4309	-15.9113	4.4281
3	8.6127	0.3558	-2.5998	9.9408	-1.8245	6.5388	-0.0106	-0.3392	0.1848	-0.3762	-0.2522	-1.4183	-0.4748	0.973	0.2628	-0.4844	0.0471	-0.0202	-0.4999	0.026	-0.3876	8.6753	-4.4714	-12.9997
4	6.9977	-0.2732	-3.1999	9.1258	0.7778	8.4975	0.3357	-0.562	0.9517	0.048	-0.1454	-1.2183	-1.1559	0.778	-0.1903	-0.3478	-0.0012	0.0331	-0.4408	-0.0396	-0.3773	-0.2284	14.2651	-5.0254
5	8.1542	-1.2265	-1.9876	9.9864	-0.776	3.5988	0.2986	0.1921	-0.1407	-0.2221	-0.1241	1.2636	-0.0232	-0.8012	-0.1745	-0.5425	-0.0507	0.0144	-0.5756	0.0797	-0.4448	-44.8636	-4.0237	-11.0318
6	7.5312	-2.3088	0.3869	5.9765	-1.1932	11.5637	-0.0635	0.6326	0.4613	-0.9614	0.1766	0.3068	-1.2259	-0.8549	-0.1131	-0.1358	0.0046	0.0809	-0.5578	-0.0619	-0.5248	-36.2413	8.2682	-28.0408
7	6.9979	-0.6794	-0.2155	11.9834	0.5527	9.1132	0.236	0.999	-0.2359	-1.6679	-0.2611	0.1088	0.0164	-0.4421	0.0251	-0.3373	-0.1258	0.1684	-0.546	-0.0429	-0.4354	-26.9413	-10.2988	-36.3285
8	7.1189	-0.2143	-3.5898	8.0761	1.3462	9.4357	0.0121	0.5746	-0.7814	-0.2692	-0.0622	0.7075	0.6913	-0.7809	0.0501	-0.569	-0.0968	0.0713	-0.6255	-0.0726	-0.3596	-35.1204	-22.6347	-18.976
9	6.4695	-4.5337	1.4189	13.3287	-2.0493	4.0254	0.0536	-0.3542	0.0195	0.0288	-0.2631	-1.0277	-0.0735	0.8149	0.2095	-0.4419	0.0337	-0.0083	-0.3067	0.0682	-0.577	15.7016	-39.1274	-19.6472
10	5.3494	0.6735	1.6494	14.488	3.6399	4.734	-0.2826	-0.826	0.1538	0.5141	0.0857	-0.1219	-0.4267	0.007	0.1969	-0.5215	-0.0143	0.1617	-0.3216	-0.0477	-0.526	-23.9294	36.6667	15.4423
11	7.1955	1.2011	-2.9897	2.8687	-1.8095	17.5474	0.0037	-0.6921	0.1097	0.3469	-0.0073	-0.3303	0.123	0.9389	0.0036	-0.6013	0.051	-0.0992	-0.6485	-0.0142	-0.4062	-20.9091	-25.7137	31.6741
12	11.5531	3.8417	-4.7039	3.216	-2.7441	9.5493	-0.4853	-0.018	0.0568	0.4316	0.4538	-0.3215	-0.8769	0.7076	0.0315	0.1818	0.0759	0.0507	-0.3838	0.0838	-0.2103	13.299	24.3987	-36.8945
13	11.1462	7.6944	-2.387	12.7071	-3.4713	9.9386	0.2527	0.2543	-0.1997	0.2078	0.1283	0.2161	0.4346	-0.3771	-0.381	-0.5371	-0.0728	-0.0839	-0.5027	-0.0888	-0.6649	-50.057	-28.7893	14.4466
14	8.6229	-6.3202	-2.1022	8.4798	3.4728	10.4318	0.2784	0.0956	-0.2975	-0.8364	0.0796	1.183	-0.8905	-1.8774	-0.3581	0.0701	0.1395	-0.0569	-0.2095	0.1	-0.1036	-50.9169	32.0813	-6.5941
15	5.0476	2.9025	1.3292	10.6621	-6.677	14.8564	-0.9105	0.5095	0.0915	-1.5705	0.4973	0.3979	-0.4088	-0.9747	0.4133	0.4468	-0.1046	0.4202	-0.2418	-0.1455	-0.0939	-13.3952	15.2499	-56.5464
16	8.557	-3.0112	-0.3941	12.4341	6.3614	9.3351	-0.0522	1.0465	-0.5024	-0.688	-0.1282	0.7202	0.854	-0.2713	0.1805	-0.1043	-0.0067	-0.0049	-0.2819	0.0927	-0.3189	-14.3684	-45.8249	-36.0789
17	12.639	-0.4971	-0.3679	92.9004	19.4938	6.6234	-0.688	-1.165	-0.5566	0.8331	0.0369	-0.0454	-0.4996	-0.4718	0.651	-0.4074	0.2225	0.0359	-0.0246	0.0866	-0.8792	12.1982	-40.0454	-15.3407
18	34.7405	-0.7133	-25.8076	14.8031	-13.3536	32.2056	1.1828	0.6421	2.9749	0.1868	0.4565	1.1852	-1.3505	-1.3605	-1.6393	-0.5646	-0.0852	-0.2863	-0.5201	-0.2115	-0.1552	-23.0824	-18.6643	31.8772
19	15.4594	-30.9639	3.4103	129.9467	5.5706	27.8011	0.3943	-0.3626	-0.2211	-1.6493	0.2483	0.1185	-0.5067	0.9354	-0.6426	-1.0075	-0.2097	0.03	-0.2154	0.0195	-0.8641	-21.5131	36.988	9.555
20	16.2531	12.4582	-43.3664	19.9204	-14.711	148.8167	-0.3834	-1.0386	-0.7572	0.7215	-0.5091	-0.7047	0.11	1.574	0.8926	-0.6811	-0.0836	-0.1915	-0.3265	0.2573	0.1202	14.4381	18.1542	-37.7686
21	17.2875	0.9401	-4.9124	21.2392	-18.8017	25.7778	0.0016	0.2093	-1.7217	-2.5668	-0.893	-2.3562	3.0863	3.1678	0.8914	0.0965	0.2269	0.0372	0.0863	-0.3812	-0.3093	-45.0017	-35.8456	10.0614
22	15.86	-8.354	-5.431	34.7742	14.4679	49.1675	-1.0032	-1.6536	-0.6499	2.4823	1.2524	-0.0058	1.3711	-4.2144	-0.2492	0.1205	-0.0605	-0.3319	0.2369	0.4731	0.4099	-53.458	26.1416	0.1552
23	10.4665	4.3914	-0.4241	11.6241	14.2579	21.3217	-1.2865	-2.5654	1.0623	-1.2378	-0.6807	0.6647	-2.1681	-3.2652	1.9672	0.7203	0.4558	0.4614	0.4017	-0.0559	0.2147	-17.1867	19.77	-51.6276
24	39.3629	-23.4403	-26.0397	40.8502	6.3983	20.3108	2.0273	2.5644	2.8527	-3.3629	-1.2992	-1.2642	-2.2932	0.9608	-0.7281	0.4223	-0.0099	-0.383	0.2147	0.1285	-0.1416	-10.8841	-38.5566	-41.9458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	35 - 140	36 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	35 - 140	36 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	33 - 140	34 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	37 - 140	38 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	I	I	35 - 140	36 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	J	J	33 - 140	34 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	K	K	37 - 140	38 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	L	33 - 140	34 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	F	38 - 216	2 - 180
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	H	38 - 211	2 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	E	38 - 216	2 - 180
12	X-RAY DIFFRACTION	12	G	G	38 - 215	2 - 179
13	X-RAY DIFFRACTION	13	P	P	38 - 216	2 - 180
14	X-RAY DIFFRACTION	14	M	M	38 - 216	2 - 180
15	X-RAY DIFFRACTION	15	N	N	38 - 216	2 - 180
16	X-RAY DIFFRACTION	16	O	O	38 - 214	2 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	4 - 20	5 - 21
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	4 - 20	5 - 21
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	D	4 - 20	5 - 21
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	4 - 20	5 - 21
21	X-RAY DIFFRACTION	21	L	L	4 - 32	5 - 33
22	X-RAY DIFFRACTION	22	I	I	4 - 29	5 - 30
23	X-RAY DIFFRACTION	23	J	J	4 - 20	5 - 21
24	X-RAY DIFFRACTION	24	K	K	4 - 30	5 - 31

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見 (Yorodumi)