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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i06 | ||||||
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タイトル | Escherichia Coli Replication Terminator Protein (Tus) Complexed With DNA- Locked form | ||||||
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![]() | REPLICATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / REPLICATION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() replication fork arrest involved in DNA replication termination / DNA replication termination / sequence-specific DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oakley, A.J. / Mulcair, M.D. / Schaeffer, P.M. / Dixon, N.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Polarity of Termination of DNA Replication in E. coli. 著者: Oakley, A.J. / Mulcair, M.D. / Schaeffer, P.M. / Dixon, N.E. #1: ![]() タイトル: A molecular mousetrap determines polarity of termination of DNA replication in E. coli 著者: Mulcair, M.D. / Schaeffer, P.M. / Oakley, A.J. / Cross, H.F. / Neylon, C. / Hill, T.M. / Dixon, N.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ewjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4856.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4927.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 35843.188 Da / 分子数: 1 / Fragment: TUS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: 13% PEG 3350, 50mM Bis-Tris pH6.75, 200mM NaI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月2日 詳細: Rosenbaum-Rock monochromator, high-resolution double-crystal sagittal focusing, double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17442 / % possible obs: 64.6 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.833 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 25.52 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.04 / Num. unique all: 344 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 13.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2EWJ 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 25.679 / SU ML: 0.262 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -2 / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: The crystals gave anisotropic diffraction, with stronger diffraction along c* than a*/b*. Thus completeness tends to fall off toward the high-resolution end.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.881 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 37.5427 Å / Origin y: 4.8955 Å / Origin z: 49.8063 Å
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