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- PDB-2hzv: NikR-operator DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hzv
タイトルNikR-operator DNA complex
要素
  • 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
  • Nickel-responsive regulator
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / nickel / transcription factor / protein-dna complex / ribbon-helix-helix / METAL BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription ...negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant ...Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / DNA / DNA (> 10) / Nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molecular Replacement/SAD / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schreiter, E.R. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: NikR-operator complex structure and the mechanism of repressor activation by metal ions.
著者: Schreiter, E.R. / Wang, S.C. / Zamble, D.B. / Drennan, C.L.
履歴
登録2006年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
J: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
K: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
L: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
A: Nickel-responsive regulator
B: Nickel-responsive regulator
C: Nickel-responsive regulator
D: Nickel-responsive regulator
E: Nickel-responsive regulator
F: Nickel-responsive regulator
G: Nickel-responsive regulator
H: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,48231
ポリマ－158,58312
非ポリマー90019
水00
1
I: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
J: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
A: Nickel-responsive regulator
B: Nickel-responsive regulator
C: Nickel-responsive regulator
D: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,72215
ポリマ－79,2916
非ポリマー4309
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
L: 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'
E: Nickel-responsive regulator
F: Nickel-responsive regulator
G: Nickel-responsive regulator
H: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,76116
ポリマ－79,2916
非ポリマー46910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)197.203, 76.132, 132.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細There are two biological assemblies per asu. One biological assembly is a tetramer of NikR and a double-stranded DNA 30-mer.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'


分子量: 9213.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*T)-3'


分子量: 9226.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Nickel-responsive regulator


分子量: 15212.597 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nikR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Z6
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, 50 mM Tris pH 7.5, and 10% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2MgCl211
3Tris11
4PEG 400011
5PEG 400012
6MgCl212
7KCl12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0000, 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
反射解像度: 3.1→49.3 Å / Num. all: 32128 / Num. obs: 30232 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 70.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: Molecular Replacement/SAD
開始モデル: 1Q5Y, 1Q5V

1q5y

1q5v


解像度: 3.1→49.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 203563.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 2119 7 %RANDOM
Rwork0.261 ---
all0.261 32128 --
obs0.261 30232 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.3218 Å2 / ksol: 0.245512 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 99.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-43.12 Å20 Å2-4.96 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----44.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.84 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8034 2448 19 0 10501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.182.5
LS精密化 シェル最高解像度: 3.1 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork3380 -
Rfree-6.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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