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- PDB-2hzs: Structure of the Mediator head submodule Med8C/18/20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hzs
タイトルStructure of the Mediator head submodule Med8C/18/20
要素
  • RNA polymerase II mediator complex subunit 18
  • RNA polymerase II mediator complex subunit 20
  • RNA polymerase II mediator complex subunit 8
キーワードTRANSCRIPTION / beta barrel / channel / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly ...transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription corepressor activity / cellular response to heat / protein-macromolecule adaptor activity / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
q64v53_bacfr protein fold - #20 / TATA-Binding Protein - #180 / q64v53_bacfr protein fold / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 ...q64v53_bacfr protein fold - #20 / TATA-Binding Protein - #180 / q64v53_bacfr protein fold / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / TATA-Binding Protein / Single Sheet / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lariviere, L. / Geiger, S. / Hoeppner, S. / Rother, S. / Straesser, K. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure and TBP binding of the Mediator head subcomplex Med8-Med18-Med20.
著者: Lariviere, L. / Geiger, S. / Hoeppner, S. / Rother, S. / Strasser, K. / Cramer, P.
履歴
登録2006年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
B: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
C: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
D: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
E: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
F: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
G: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
H: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
I: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
J: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
K: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
L: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,87112
ポリマ－240,87112
非ポリマー00
水1,53185
1
A: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
B: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
I: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2183
ポリマ－60,2183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
D: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
J: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2183
ポリマ－60,2183
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
3
E: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
F: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
K: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2183
ポリマ－60,2183
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20670 Å2
手法PISA
4
G: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
H: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
L: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2183
ポリマ－60,2183
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
F: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
K: RNA polymerase II mediator complex subunit 8

A: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
B: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
C: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
D: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
G: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
H: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
I: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
J: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
L: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,87112
ポリマ－240,87112
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31710 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area74490 Å2
手法PISA
6
G: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
H: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
L: RNA polymerase II mediator complex subunit 8

A: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
B: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
C: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
D: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
E: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
F: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
I: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
J: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
K: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,87112
ポリマ－240,87112
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30840 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area75360 Å2
手法PISA
7
A: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
B: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
E: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
F: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
G: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
H: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
I: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
K: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
L: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,6549
ポリマ－180,6549
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22350 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area58190 Å2
手法PISA
8
A: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
B: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
G: RNA polymerase II mediator complex subunit 20
H: RNA polymerase II mediator complex subunit 18
I: RNA polymerase II mediator complex subunit 8
L: RNA polymerase II mediator complex subunit 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4366
ポリマ－120,4366
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14180 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area40060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.365, 115.762, 129.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a heterotrimer formed by one molecule 1, one molecule 2 and one molecule 3. Four biological assemblies are present in the asymetric unit: A/B/I, C/D/J, E/F/K, G/H/L.

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要素

#1: タンパク質
RNA polymerase II mediator complex subunit 20 / Suppressor of RNA polymerase B 2 / Hyper-recombination suppressor protein 2


分子量: 22786.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB2, HRS2, MED20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P34162
#2: タンパク質
RNA polymerase II mediator complex subunit 18 / Suppressor of RNA polymerase B 5


分子量: 34213.391 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 2-307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB5, MED18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P32585
#3: タンパク質・ペプチド
RNA polymerase II mediator complex subunit 8 / RNA polymerase II transcriptional regulation mediator 8


分子量: 3217.593 Da / 分子数: 4 / Fragment: C-terminal domain, residues 189-209 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P38304
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate, 0.6 M sodium fluoride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 61548 / Num. obs: 61548 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HZM

2hzm


解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.272 3047 RANDOM
Rwork0.236 --
all-61548 -
obs-61548 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14001 0 0 85 14086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.261
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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